1.类型I基因的转录因子

类型I基因的启动子主要负责rRNA前体基因转录。

（1）转录因子SL-1

SL-1本身在类型I启动子DNA上不具有结合的足迹，当它与RNA聚合酶I结合后能增强结合上有控制元件（UCE）的能力。SL-1由TBP和3种分子质量为110KDa，60KDa和48KDa的TAF1组成，TAF是TBP偶联因子（TAF），功能：确保RNA聚合酶I准确定位于启动因子和起始位点。

（2）UBF，即上游结合因子。UBF由两个亚基构成，分子质量分别是97KDa、94KDa。94KDa本身已具有UBF活性。UBF在不同种属间非常保守。

2.RNA聚合酶I的转录起始复合物

RNA聚合酶I转录起始需要SL-1和UBF两种转录因子。转录起始复合物装配步骤：①两个UBF分别特异性地结合到上游控制元件（UCE）和核心启动子上通过DBF蛋白质的相互作用，使UCE与核心启动子之间的DNA形成环状结构；②SL-1（选择性因子）结合到UBF-DNA复合物上。③当SL-1和UBF结合后，RNA聚合酶I就结合到核心启动子上。

3.类型III基因的转录因子

（1）TFIIIA

TFIIIA是一种典型的锌指结构的DNA结合蛋白，锌指由Zn2+与两个Cys，两个His残基形成配位C2/H2型。TFIIIA有9个锌指结构与DNA结合，它们插入5SrRNA基因内部启动子两侧的大沟内，是蛋白质停靠在DNA上。锌指中特定的氨基酸残基能与特异性碱基接触，形成紧密蛋白质-DNA复合体。

（2）TFⅢB和TFⅢC

（3）转录因子TFⅢB是一个异三聚体，其中之一是TATA框结合蛋白TBP。另一个亚基是TFⅢB相关因子BRF其序列和功能类似于TFⅢB。TFⅢC由6条多肽组成，总分子质量600KDa。在类型Ⅲ的内部启动子中，TFⅢB本身不能结合于DNA序列。需要装配因子的协助，才能结合于启动子的位置。

4.RNA聚合酶III转录起始复合物的装配

（1）tRNA 基因转录起始复合物的装配

①TFⅢC结合到A框和B框上；②TFⅢB结合于A框上游约50bp的位置上，并只与TFⅢC相互作用，而与DNA序列无关；②RNA聚合酶结合于TFⅢB-TFⅢC-DNA复合物，随后，TFⅢC从该复合物中释放出来。

（2）5SrRNA基因转录起始复合物的装配

①TFⅢA结合于C框 ②TFⅢC结合到TFⅢA上，与tRNA基因的内部启动子情况相似，TFⅢC结合于TFⅢA的同时，也与启动子接触，TFⅢC对TFⅢA下游序列比上游序列有较高亲和性。③TFⅢB与TFⅢC接触，并结合到上游DNA序列上。④RNA聚合酶Ⅲ依赖TFⅢB结合到5SrRNA基因的转录起始点，形成转录起始复合物。

RNA聚合酶III的转录起始复合物装配需要3个基本转录因子，即TFⅢA、TFⅢB和TFⅢC。TFⅢB是RNA聚合酶III唯一真正的转录子。

（3）可变RNA聚合酶III启动子

许多RNA聚合酶III基本还接受上游序列的作用，从而调控其自身的转录。一些RNA聚合酶III启动子。如U6核内小RNA和来自非洲淋巴瘤病毒中小RNA基因只使用其转录起始点上游的调控序列，即U6snRNA基因的启动子位于转录起始位点上游，其中包括一个位于-30~23碱基处的TATA框和PSE等，利用TATA框和Inr构成核心，RNA聚合酶III就能其实转录，PSE可明显提高转录效率。