水母在分类上是属腔肠动物门(Coelenterata)下的水螅纲(Hydrozoa)或是钵水母纲(Scyphozoa)。也有部份的水母属栉板动物门。

水母的分类

在学术上来说，水母分属於二个动物门：Phylum Cnidaria腔肠动物门(刺细胞动物门)、Phylum Ctenophora栉板动物门，属於腔肠动物门的有：Class Hydrozoa水螅纲及Class Scyphozoa钵水母纲；而栉板动物门中的则有Class Tentacula触手纲。

◆Class Scyphozoa钵水母纲：

全部海生，在台湾常见的海月水母、彩色水母、车轮水母、珍珠水母等都是属於钵水母，它们的共同特徵是：水母世代较为发达，也就是我们平常见到的水母型态，其不具骨骼、三胚层、水母体无缘膜(Velum)。可行无性及有性的繁殖，有世代交替的现象。

◆Class Hydrozoa水螅纲：

是本门中最原始的一纲，只有二胚层，生殖细胞在外胚层形成，可行有性、无性的繁殖，有世代交替的现象，如僧帽水母、西班牙战舰等。

◆Class Tentacula触手纲：

三胚层、体面有八条被纤毛的栉板带、具一对或多对触手，雌雄同体，生殖腺位於内胚层，如风船水母、栉水母等。

身体构造

水母的身体有95％以上是水份，其他则是蛋白质和脂质所构成，所以水母的身体会呈现透明状，就是因为身体内的水份之故。水母具有三胚层，最外是表皮层(epidermis)，最内层则是胃皮层(gastrodermis)，由胃皮层构成一简单的体腔，只有一个开口，兼具口及排泄的功能，在表皮层及胃皮层之间的则是中胶层(mesoglea)。以钵水母为例，水母的身体有几个构造：

◆胃腔(Gastric pouches)：

即是由胃皮层所形成的胃腔，也是水母的消化系统，胃腔内有胃水管系统(Gastrovascular cavity)，内有许多的触手状的胃丝(Gastric filament)，胃丝上又有刺丝胞(Nematocyst)，可将吃进来的饵麻醉，再放出消化液来进行消化。生殖腺也是位於胃腔壁上，同样是发源於胃皮层(Gastrodermis)。

◆感棍(Rhopalium)：

在水母翼的边缘均分有八个感棍(Rhopalium)，内有一个平衡胞、小眼(Ocellus)及两个感觉窝(Sensory clubs)，是在水中平衡其身体及触觉之用，可说是水母的感觉器官。

◆触手(Tentacle)：

在水母翼的边缘有许多细小的触手，触手的前端有刺胞，刺胞可捕捉浮游生物及攻击敌人。

◆刺丝胞(Nematocyst)：

为触手前端的细胞之一，腔肠动物又称为刺胞动物，就是指此，因此水母多少都含有毒性。刺胞是一个充满液体的囊，内有一条中空缠绕的管子，刺丝胞的表面有一小针称为刺胞针(Cindocil)，如同是开关般，当刺胞针受到触动时，刺丝胞会马上射出管线，这些含有毒液的管子会使被刺之生物麻痹。

◆口腕(oral arm)：

由水母翼中心延伸出来的腕状物，数量和胃囊相同。口腕上也有许多的刺丝胞，除了可以捕捉猎物之外，也可以将食物送入口中。口腕的底部有保育囊，受精卵发育而成的实囊幼虫，会附著在保育囊上。

◆口器(Manubrium)

位於口腕的基部，直接通到胃腔。可吃入食物之外，也具有排泄的功能。

◆放射管(Radial canal)

由胃腔呈放射状向水母翼延伸的管子，可将消化的营养及氧气在体内循环，具血管般的功能。