转：预测转录因子结合位点 

JASPAR 数据库中CORE 数据库属于高质量，非冗余转录因子数据库，包含的信息源于已经实验证实的真核生物转录因子结合位点。可供查找的物种有脊椎动物。

第一步：打开官网，以 jaspar Core Vertebrata（脊椎动物）为例。

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第二步：进入主界面，在输入序列区域将查找到的启动子序列输入进去。

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注：输入序列需为 FASTA 格式，即输入第一行为「>」 加「文字说明」第二行开始才为序列。

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第三步：勾选想要检测的转录因子或者同一物种全部勾选（注意物种），其它选项默认，之后点击 SCAN 结果展示：

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Score 以及 Relative score 是根据相应算法运算后给出的，评分越高，结合的可能性越大。

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数据库虽然能够预测到很多转录因子的结合，可是，它也只是起到提示作用，最终还是要通过实验验证哦。

参考文献：

Mathelier A, Fornes O, Arenillas DJ, Chen CY, Denay G, Lee J, et al. JASPAR 2016: a major expansion and update of the open-access database of tranion factor binding profiles. Nucleic acids research 2016, 44（D1）： D110-115.

原文引自：https://www.sohu.com/a/214734474_177233