圣严法师说这座寺院应成为“空中花，水中月”。在被问到想象中的未来寺庙是什么样子时，僧侣及法鼓佛教集团创始人圣严法师回答道，他认为寺院应该是“空中花，水中月”，“就起名叫做水月寺吧”。水月寺就是这样来的。它坐落在广袤的关渡平原上，面朝基隆河，背景为大屯山，设计充分利用自然环境，努力打造一个宁静的精神场所。进入寺院前首先要经过两面高度不同的墙体，它们是寺院与外面的高速公路之间的缓冲。一进入寺院，游客就会看到坐落在80米长的荷花池尽头的主殿。超大的柱廊和柱子之间金色的遮帘倒映在池塘的水面上，产生了一种虚幻的效果。设计采用混凝土作为建筑材料，最大限度地减少了颜色与形式的选择，传达出了禅宗佛教的精神。大雄宝殿的下部是透明的，使上面的木质“盒子”给人一种悬浮在空中的印象。大雄宝殿的西面有一面巨大的木墙，上面刻有汉字《心经》。当光线通过镂空的文字照射进来的时候，空间内就会充满文化与精神的气氛。长长的走廊外，预制玻璃纤维增强钢筋混凝土板上镂空浇筑了《金刚般若经》，不但增加了宗教意义，还可遮阳。阳光将经文照射在室内空间的表面上，就好像是佛陀在以无言的方式授经讲学。