今天由于检验Assemble的需要。。突然间要对几个序列进行多序列比对，一下子有些忘了该怎么做，就模模糊糊的知道Clustalw以前用过，细节什么的都没印象了。。Google了一下，仔细重新温习了下以前的内容，什么都明白了。。。
   顺便整理下做个小总结，一方面给自己留个存根，免得下次遇到再到处搜，另一方面也希望对你有所帮助~
1.先提供下载地址：
  官方下载地址：http://www.clustal.org/download/current/
  Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到，包括linux、Win、Mac...

2.原理：序列同源性分析：

    是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的一步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程序包有CLUSTAL等；
Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。
CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系；然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权；然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。

3.操作
3.1 Clustalx的操作

第一步：输入序列文件。

第二步：设定比对的一些参数。

参数设定窗口。

 第三步：开始序列比对。

第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式

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3.2 Clustalw的使用(一)

第一步：按屏幕提示选择1，输入序列文件

注意：请把你需要比对的多条序列合并为一条，放在一个文件中

第二步：选择保存文件的形式，按提示选择，你会的！

第三步：参数设置好后，按Enter返回主界面，开始比对！

EBI提供的在线clustalw服务

http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

可以在这里得到更多关于clustal的帮助：

http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html

文章参考：

http://hi.baidu.com/��������/blog/item/067ae8343d15415a251f14fe.html

希望对你有所帮助！