1) miRNA(microRNA)成熟体命名规则(以动物miRNA为例)

①确定命名规则之前发现的miRNA(microRNA)，则保留原来名字，如hsa-let-7。

②miRNA(microRNA)成熟体简写成miR，再根据其物种名称，及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字，如hsa-miR-122;

③高度同源的miRNA(microRNA)在数字后机上英文小写字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等;

④由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA(microRNA)，则在后面加上阿拉伯数字以示区分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2;

⑤通常一个miRNA(microRNA)前体长度大约为70~80nt，很可能两个臂分别产生miRNA(microRNA)。

以前的做法是：表达水平较高的miRNA(microRNA)后面不加任何符号，而表达水平较低的miRNA(microRNA)后面加上*号，如rno-miR-9*。有时带“*”的miRNA(microRNA)就根本不出现。

而如果没有明显的表达差异，则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分别表明从hsa-mir-26b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。

在以前的命名中，有时也会以“-s”和“-as”来命名，但现在已经取消了这种命名方式。

注意：miRBase 18.0对miRNA(microRNA)成熟体的名称进行了大量的修改，很多带“*”的miRNA(microRNA)都变成了“-5p”或“-3p”。当然，新名称下面对应有其原来的名称。

2) miRNA编号及名称(以动物miRNA为例)

miRBase记录了miRNA(microRNA)前体序列及miRNA成熟体序列，其中：

① miRNA(microRNA)前体

发夹状结构的miRNA(microRNA)前体转录本以“mir”命名，其编号以“MI”编号，如人的miRNA 122的前体ID为hsa-mir-122，Accession为MI0000442。

② miRNA(microRNA)成熟体

大约20～23nt的miRNA(microRNA)成熟体以“miR”命名，其编号以“MIMAT”编号，如人的miR-122有两个成熟体，其中之一ID为hsa-miR-122-5p ，Accession为 MIMAT0000421;另一个为ID为hsa-miR-122-3p ，Accession为 MIMAT000 4590。

案例请见：http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000442

3) 不同物种命名方式差别

①动物：

miRNA(microRNA)前体：以动物物种缩写+“-”+ mir+“-”+命名顺序，如hsa-mir-122;

miRNA(microRNA)成熟链：以动物物种缩写+“-”+ miR+“-”+命名顺序，如hsa-miR-122-5p;

②植物：

miRNA(microRNA)前体：以植物物种缩写+“-”+ MIR+命名顺序，如ath-MIR156a。注意：MIR是大写，并与命名顺序之间没有“-”;

miRNA(microRNA)成熟链：以植物物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如ath-miR156a。注意：miR是小写，并与命名顺序之间没有“-”;

③ 病毒：

miRNA(microRNA)前体：以病毒物种缩写+“-”+ mir+命名顺序，如bhv1-mir-B1;

miRNA(microRNA)成熟链：以病毒物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如bhv1-miR-B1。