Pathway和GO功能分析及显著性判断_一心园

http://blog.sina.com.cn/u/1561889732

首页博文目录关于我

个人资料

一心园

微博

加好友发纸条

写留言加关注

博客等级：
博客积分：0

博客访问：6,824
关注人气：302
获赠金笔：0支
赠出金笔：0支
荣誉徽章：

正文字体大小：大中小

Pathway和GO功能分析及显著性判断

(2014-08-20 08:35:03)

标签：

股票

一、Pathway功能分析及显著性判断

MAS 系统整合了来源于KEGG、BioCarta和GenMAPP三个公共Pathway数据库的信息，可分析差异基因所在Pathway，以及某个Pathway中基因富集度的显著性水平。通过统计分析，选择合适的计算方法计算通路显著性p-value。在实际的分析中，我们也关注以某个p-value阈值筛选后得到的pathway的假发现率，以q-value衡量。

http://s12/mw690/001HHwRSzy6LnTQeUH17b&690

Pathway功能分析

二、 Pathway 中基因相关性分析

根据每两个基因共出现在同一pathway中的次数统计，绘制基因共相关点线图，进而得到不同 pathway 上基因的关联情况。

http://s15/mw690/001HHwRSzy6LnTRuRCCee&690

Pathway 间基因关联图

三、KEGG图片中展示基因的上下调关系

直观的展示出某些基因在通路图中的变化关系，便于了解某一同路中基因的可能的相互作用关系。

http://s11/mw690/001HHwRSzy6LnTTF4lYea&690

KEGG通路图

四、多组数据的pathway统计结果聚类分析

该分析便于揭示和比较不同处理对样品信号通路的影响。

http://s14/mw690/001HHwRSzy6LnTVbyeFad&690

对Pathway的聚类分析

五、GO功能及富集度分析

GO（Gene ontology）注释收集了来源于 Gene ontology（www.geneontology.org/pub/go/gene-associations）和NCBI（www.ncbi.nih.gov/gene/data/GO（Gene ontology））数据库的信息，按照生物途径(Biology Process)，分子功能（Molecular Function）和细胞定位(Cellular Location)对基因进行注释和分类。通过对差异表达基因进行GO terms富集度统计学的分析，计算出差异基因GO term的p-value和p-value的FDR值（q-value），定位差异基因最可能相关的GO term。对生物模型中变化的基因功能进行整体的把握。同时可以绘制与输入蛋白相关的GOterm 的丰度统计饼图、p-value聚类热图、GO-蛋白网络图以及GO中蛋白富集度p-value在GOterm树的关系图等。

http://s16/mw690/001HHwRSzy6LnTXwv3p5f&690

GO mapping

http://s9/mw690/001HHwRSzy6LnTY6sGsa8&690

Protein-GO网络

阅读┊ 收藏 ┊ 喜欢 ▼ ┊打印┊举报/Report

前一篇：此时可待成追忆

后一篇：[转载]permutation test(置换检验)

新浪BLOG意见反馈留言板　欢迎批评指正