人民法院对于上市公司限售流通股的拍卖程序与对于流通股的拍卖程序差别不大。主要区别在于拍卖完毕后办理股权过户手续时，应当提交的材料不同。此外，限售流通股司法拍卖并过户后，仍然收到限售期的限制。

1、一般程序：  

根据相关法律法规对执行程序的规定，人民法院对上市公司股权进行司法拍卖的一般程序为：

（1）人民法院委托资产评估机构对股权进行评估（资产评估机构由债权人和债务人协商选定。不能达成一致意见的，由人民法院召集债权人和债务人提出候选评估机构，以抽签方式决定）；

（2）资产评估机构出具股权评估结果并由人民法院送达双方当事人（当事人或者其他利害关系人有证据证明评估机构、评估人员不具备相应的评估资质或者评估程序严重违法的，可能会重新评估）；

（3）人民法院委托资产拍卖机构进行拍卖（资产拍卖机构由债权人和债务人协商选定。不能达成一致意见的，由人民法院召集债权人和债务人提出候选拍卖机构，以抽签方式决定）；

（4）拍卖机构于拍卖日前10天发布拍卖公告；

（5）第一次拍卖成功的，办理股权过户手续；第一次拍卖流拍的，应当继续拍卖。

（6）人民法院可以在每次拍卖未成交后主持调解，将所拍卖的股权参照该次拍卖保留价折价抵偿给债权人；

（7）经三次拍卖仍不能成交时，人民法院应当将所拍卖的股权按第三次拍卖的保留价折价抵偿给债权人。债权人不同意接受抵债的，人民法院应当解除查封、冻结；

（8）拍卖成交或者股权折价抵偿的，可凭人民法院生效裁判文书等办理股权过户手续；

（9）拍卖所得价款，优先清偿担保物权人及其他优先受偿权人的债权后，用于清偿申请执行人债权。

2、特殊程序要求：

（1）如果上市公司股权为国有股权的，对其司法拍卖有以下特殊要求：第一，竞买人应当具备依法受让国有股权的条件；第二，国有股东授权代表单位应履行向主管财政部门的报告和备案义务；第三，买受人应进行股权性质界定，界定后办理股权过户手续。

（2）若持有公司百分之五以上股份的股东或者实际控制人，其持有股份或者控制公司的情况发生较大变化，上市公司应当立即将有关该重大事件的情况向国务院证券监督管理机构和证券交易所报送临时报告，并予以公告；若投资者持有一个上市公司已发行的股份达到百分之五时，应当在该事实发生之日起三日内，向国务院证券监督管理机构、证券交易所作出书面报告，通知该上市公司，并予公告。

（3)如果对上市公司股权的拍卖过程中，竞买人累计持有上市公司股份数额达到30％，将会触发《证券法》对上市公司收购程序的规定，人民法院应当中止拍卖程序。竞买人应当依照《证券法》和《上市公司收购管理办法》的相关规定和人民法院的具体要求履行收购程序，包括报告、公告、股权过户等。