神奇宝贝特别篇是日本的漫画，日本现在连载到28册，中国这里连载翻译到24册（貌似25已经出来了，不过真的好慢！……）是由吉林美术出版社翻译出版的。出版之后很受人欢迎，日本漫迷和中国漫迷都很期待……

    现在的翻译完特别篇共分为5个篇章。编剧是日下秀宪  绘画1～9册是由真斗而10卷之后是由山本智画的。
    第一篇章：红·绿·蓝篇

    主角：小智，小茂，小蓝

    反派：火箭队

    故事概况：

    在没有受过一点污染的真新镇上，有着一位少年，他非常喜爱神奇宝贝，梦想成为世界第一个神奇宝贝训练师。因此去造访了被人们称为拥有“神奇宝贝权威”的大木博士，然而因为博士不在家，小智自己走了进去，被博士误认为成了小偷，慌乱之中放跑了很多的神奇宝贝，在找回的途中，大木博士很欣赏小智，便把自己发明的神奇宝贝图鉴送给了小智，还把妙蛙种子交给了他。从此，小智踏上了属于他的旅程，这场旅程中，他结识了许多人，皮卡丘等神奇宝贝成了他非常棒的伙伴……大木博士的孙子——小茂，也与小智一样，为了成为神奇宝贝联盟大赛的冠军，起初遇到小智的时候，嘲笑小智太笨了。但最终成为了很好的朋友兼对手。同时，大木研究所的神奇宝贝——杰尼龟被人偷走了，偷走它的人正是小蓝，小蓝小时候曾经被大鸟抓走，患有“鸟类恐怖症”，最终，小蓝被大木博士找到了，但并没有怪她，还把剩下的一个图鉴交给了小蓝。这三位神奇宝贝训练师齐心协力，共同推倒了火箭队的野心，打败了坂木老大，是关东地区恢复了和平。

    第二篇章：小黄篇

    主角：小黄，小智，小茂，小蓝

    反派：关东四大天王

    故事概况：

    1年之后，小智接到了一封奇怪的挑战书，但是，小智一去不回，回来的只有伤痕累累的皮卡丘，同时，大木研究所来了一位奇怪的训练师，小黄。在经过与大木博士的战斗中，让大木博士放心地把小智的图鉴交给了小黄。在寻找小智的历程中，小黄为了加强自己的战斗能力，成为了小茂的徒弟，但他的无知让小茂非常无奈，不过，最终特训的效果还是有效的。在与四大天王的战斗中，大家打得十分辛苦。最终，大家以顽强战胜了四大天王，小黄靠着大家的力量，打败的渡，也使得8枚徽章发出的“破坏之力”变成了“给予之力”。让被污染的工业废墟恢复了原貌……

    第三篇章：金·银·水晶篇

    主角：金，银，水晶

    反派：假面人

    故事概况：

    四大天王事件1年之后，新的故事又在成都地区开始了，视神奇宝贝为家人的少年金，偶然遇到了来成都研究神奇宝贝的大木博士，带着好不容易讨来的神奇宝贝图鉴，以及带着从空木研究所带出来的神奇宝贝火球鼠，开展了追偷图鉴以及小锯鳄的小偷——银。为了更好地研究神奇宝贝，大木博士拜托了“捕获专家”水晶，去收集神奇宝贝。这三个神奇宝贝训练师，共同打败了欲想控制时间的敌人，使成都地区恢复了和平。

    第四篇章：宝石篇

    主角：路比，沙菲雅

    反派：火岩队§水舰队

    故事概况：

　　“假面人”事件发生后两年，在芳缘地区，一个刚从城都地区（小金市）搬来这的少年路比，为了参加这个地方的神奇宝贝华丽大赛，不顾父亲的反对，偷偷离家出走，没想到却因为巧合，遇上了野性化少女沙菲雅。 沙菲雅是小田卷博士的女儿，由于莎菲雅是以得到方缘地区所有训练馆徽章为目标，而路比的目标是赢得方缘所有华丽大赛两人因此起了争执，于是并订下了80天的约定，看谁最快在期限内完成目标，以证明自己的实力，就这样，两人踏上了各自的旅程。 同时，芳缘地方的两个神秘集团－火岩队和水舰队也在蠢蠢欲动，他们的目的是要让超古代神奇宝贝－固拉多和盖欧卡复活，好建造自己的理想世界，为此，芳缘地区的道馆馆长紧急召开会议，商讨对策。路比的师傅米可利，沙菲雅的师傅娜琪，面对这一场即将到来的战争，沙菲雅打算帮忙，最终，路比也决定参加。这场战斗中，路比和沙菲雅明白了对方就是自己小时候的那个喜欢的人，最终，合二人之力，平息了事件。然而，宝珠的碎片被捡了起来，这预示着什么？一场事件的结束，一场事件的开始……

    第五篇章：火红绿叶篇

    主角：小智，小茂，小蓝，小黄，银

    反派：火箭队

    故事概况：

    　　固拉多和盖欧卡大战后半年，小智与小茂好不容易回到了真新镇，却发现博士不在家，并要收回他们的图鉴，还给了他们一张船票。他们便搭了船前往七之岛，并在船上碰见了小蓝，在七之岛，大家遇到了坂木，新的战斗开始了！对手，是来自宇宙的病毒神奇宝贝——代欧奇希斯 另一方面，关东地区的常磐市里，小黄碰见了银。银透过记忆，经过小黄的绘画，在常磐市道馆找到了可能是他爸爸的铜像。原来，银的爸爸就是坂木？惊讶之余，在常磐森林里他们也碰到了一场激战！最终，他们五人战胜了敌人，然而，他们……变成了……石头……？