借壳上市的弊端，总体成本也要高于IPO，主要表现在：

1.如何处置上市公司原有资产。
壳的资产质量一般很差，盈利能力堪忧。打包出去也不好找到下家。这时候一般得由买壳方想办法解决这些资产，要么自己出资买下，要么付出一定成本去帮忙找接盘侠。这是买壳方的直接成本。

2.业绩对赌
借壳一般都有业绩对赌，业绩对赌直接关系到能募集到多少资金。但是业绩对赌对于买壳方而言是有风险的，特别是承诺以股份补偿未达业绩的。参考华泽钴镍，业绩对赌失败后所有股份被用于补偿亏损，买壳方净身出户，竹篮打水一场空。

3.如何处理壳自带的问题
很多壳都经营不善，在发展过程中可能有各式各样的未决诉讼、权属纷争、资产瑕疵。这些可能会给买壳方带来巨大的麻烦。

4.募集配套资金限制
根据2016年新规，借壳不准同时募集配套资金。

5.监管风险
因为借壳的审核要严于普通的重大资产重组，所以对于一些在借壳边缘徘徊的重组而言，参与方有很强的驱动来设计各种交易结构来规避借壳。证监会6月拟定了事后追责的条款，这类规避借壳的重组以后可能面临高昂的监管成本。