众所周知，DNA的复制过程中，分开两条母链的工作是由一个蛋白六聚体来进行的，这就是所谓的解旋酶（Helicase）。解旋酶是一类依靠ATP水解从而将核酸链氢键打开的酶，其具有单链核酸的结合活性。在DNA复制、双链RNA打开过程中都有解旋酶的参与，因此依照其底物划分为DNA解旋酶和RNA解旋酶。其运动方向可以从5'→3'，也可以从3'→5'，因此依照运动方向又可分为typeA 类解旋酶和type B类解旋酶。

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    不过，RNA的转录是否需要解旋酶参与，这个是个在网上（特别是中学生物教学）争论了很久的问题。事实上，学术界对这个问题也存在争议。转录是否需要解旋酶参与？个人认为，这个问题主要在于对解旋酶的定义以及对解旋酶功能理解的差异上。

    首先看原核生物的转录过程，原核生物的RNA聚合酶的全酶由核心酶和σ因子构成。在转录起始时，首先核心酶和σ因子结合形成RNA聚合酶全酶，依靠σ因子识别启动子序列，从而促使全酶结合在DNA上。此时，一个不需要依赖ATP水解能量的变构作用发生，使得DNA双链上产生一个12-14bp的“小泡”。这个小泡内即为RNA合成部位。随着核苷酸聚合，RNA聚合酶移动向基因下游，同时释放σ因子。在这一过程中，并没有解旋酶参与其中。事实上，这个小泡的长度在整个RNA合成过程中是不变的，即前端DNA双链分开，随后在后端即重新形成双链。RNA聚合酶事实上只是在双链之间移动，并非分开双链。这个过程只是增加了RNA聚合酶两侧双链DNA的张力，而这张力可被DNA旋转酶（DNA gyrase）释放。由此可见，原核生物的转录并不需要解旋酶参与，RNA聚合酶只是“”插空“而已。


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    真核生物的转录稍微复杂，我们这里主要讲下负责编码序列转录的Pol II。对于Pol II来说，其需要一系列蛋白辅助因子来帮助其起始转录。首先包含TBP的TFIID结合DNA链，招募TFIIB形成初始复合体，同时招募Pol II本身以及多种转录因子结合构成转录起始复合体。在争论中，有人提出转录因子TFIIF和TFIIH是解旋酶。其理由是TFIIF中的大亚基（RAP74）以及TFIIH中包含的XPB和XPD亚基具有ATPase活性并能打开DNA双链。但分析来看，虽然这三者的确具有ATP依赖性的DNA解链作用，但是和典型意义上的DNA解旋酶并不相同。首先，这三者都是以亚单位形式结合于Pol II构成转录起始复合体 ，但其完整的转录因子还包含磷酸化、促进结合等功能。其次，其并不识别单链DNA，而是通过TFIID及Pol II的募集而来，必须作为一个整体才能表现出RNA解链活性。第三，其解链活性只在转录起始中起作用，在转录起始、RNA链延长过程中，包括TFIIF、TFIIH在内的转录因子大多脱离转录起始复合体，仅剩下Pol II及少量蛋白进行延伸。对比DNA解旋酶在整个复制过程中起作用，可以看出TFIIF和TFIIH仅在转录起始时表现DNA解链活性，但在整个转录过程中，并不参与DNA双链的解链-再结合过程。
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    综上，在转录过程中RNA聚合酶只是在DNA双链中穿过，只产生对DNA的张力，而不实际将DNA分开为两个单链。在原核生物中，并不需要DNA解旋酶参与。在真核生物中，一些蛋白表现的是ATP依赖的旋酶活性，其功能是打开DNA双链并并起始RNA聚合酶的移动，在RNA合成过程（特别是延伸中）中并不起作用。

    因此，对于真核生物，如果定义解旋酶就是”依靠ATP水解能量分开DNA双链的蛋白质“，那么可以认为真核生物的转录 需要解旋酶。但是通过上面的分析个人认为，这并非典型的DNA解旋酶功能，其和DNA复制时的解旋酶在功能和结构上极为不同。