唐天宝七年（748）六月八日，有彩云起于李溪源（今三溪盛园分水仰附近），覆绕缙云山独峰之顶，云中仙乐响亮，鸾鹤飞舞，俄闻山呼“万岁”者九，诸山皆应，自申至亥乃息。栝州刺史苗奉倩上其事于朝。唐玄宗李隆基遂敕改缙云山为仙都山，缙云堂为黄帝祠宇，号称“天下第一祠”，每年度道士增至七人，以奉香火。由时任缙云县尉、中国著名小篆书法家李阳冰篆额。唐末杜光庭，撰《洞天福地岳渎名山记》把仙都定为三十六洞天之“仙都山仙都祈仙洞天，三百里，在处州缙云县，黄帝上升。”同时又有典籍称其“玄都祈仙总真洞天，赵真人（赵炳）治之”。

北宋天禧四年（1020），真宗派员到仙都祭祀轩辕黄帝，同时和过后，多次投金龙玉简于金龙洞，自此在中国形成了北陵南祠格局。宝元二年（1039），朝廷派遣特使权三司使叶清臣，来仙都祭祀轩辕黄帝。治平二年（1056），朝廷下旨改黄帝祠宇为道教宫观高级别的名称玉虚宫，纳为国家管理，正殿加至七开间。熙宁九年（1076），又有记载三司使沈括，奉旨作为特使主祭，此后，派四品以上高官进行主祭，遂成惯例。宣和二年（1120），玉虚宫毁于方腊部战火。嗣后，“道士游大成乃即旧基再谋营造”，“独力重完”。

南宋绍兴五年（1135）七月戊子，高宗特命宋孝宗的生父赵子偁知处州，以便兼管玉虚宫轩辕黄帝祀事，并在南边二十里的小仙都云台山顶建军寨，山脚建行宫（后为信安郡王的后代居住管理，人称赵王府，现墙脚尚存。）从此，大臣、宗室，代表朝廷到仙都来祭祀轩辕黄帝者纷至沓来、络绎不绝，现多处仍留有摩崖题记。嘉定元年（1208），秀王赵子偁的曾孙赵希明，又来担任处州知州。同时，魏王系赵道之，太宗系赵崇绚为轩辕黄帝祀事，先后任缙云知县。绍定元年（1228），派魏王赵廷美八世孙，临安知府赵立夫主祭。开庆元年（1259），阴阳先生认为玉虚宫坐东朝西不吉利，于是郡守安刘取朝旨，命道士陈观定迁宫改向成坐北朝南子午向，因为早在天禧年间就已经是属于皇家道院，就按国家级标准建了九开间，不期年而告成，占地三十多亩，房屋九十九间。

至元十四年（1277）三月，缙云入元，元朝尊崇的是萨满教和也里可温教（基督教的聂里脱里派）以及藏传佛教萨迦派（花教），玉虚宫因此失修，并遭到一定程度的损坏。几年后，故宋宗室、魏王赵廷美十一世孙赵嗣祺，在此出家。到皇庆开科（1312），元廷才想起汉文化的重要性。延祐元年（1314），赵嗣祺钦奉圣旨主领宫事，始重新之，并请太祖系秀王派（宋孝宗哥哥赵伯珪后代）的族兄、文敏公赵孟頫题写宫门。三年（1316），宫成，朝廷刻铜印授之，视五品，与处州路总管同级。此时的玉虚宫正殿是七开间，为行中书省级建制。

元至正十五年（1355），玉虚宫又经兵乱而毁损，入明后虽得以重修，但朱元璋抑制一切宗教，严格限制寺观规模、僧道人数，玉虚宫正殿由此被降级为五开间。即使这样，亦有浙江巡抚常居敬、吏部尚书李鋕等官员前来祭祀、题字。清顺治五年（1648），南明残部与清军在缙云境内多处拉锯式混战，县城几次易手，玉虚宫再遭遇兵火而成残垣断壁，康熙中期后，本欲赴京御批，怎奈满清统治者信奉的是藏传佛教格鲁派（黄教）。事遂中寝，到上世纪末，宫废几近三百五十年。

一九九四年，缙云县人民政府按《仙都风景名胜区总体规划》，为了发展旅游，继承传统文化，加强民族凝聚力，有利港澳台统战，恢复中华民族始祖轩辕黄帝的北陵南祠格局，经国家建设部批准，在故址进行重建黄帝祠宇，朝向改回坐东南朝西北，因受地势局限影响，只建了个五开间的州府级别。二零零六年，祭祀轩辕黄帝定为地市级，并确定每逢公历三六九为大祭和开全国性的研讨会。

二零一一年，缙云仙都祭祀轩辕黄帝，正式列入国家非物质遗产代表性名录。二零二一年，经全国清理和规范庆典研讨会论坛活动工作领导小组批复，同意祭祀轩辕黄帝大典的主办单位变更为浙江省人民政府，一年一届。至此，该项目成为浙江唯一一个由省政府主办的祭祀类节庆活动，也是二零一四年全国清理和规范节庆活动之后，唯一提升规格的祭祀类活动。由此浙江缙云与陕西黄陵、河南新郑，真正形成了“三地共祭”，层次相当于全国轩辕黄帝祭祀格局。

以后，为了配套需要，黄帝祠宇正殿，有望接拼复原成七开间或者九开间，每逢一也有可能列为大祭祀，这盛事值得期待。

修改增添于二零二一年九月初三。