神州佛音（387）------衢州孔氏南宗家庙
孔氏南宗家庙位于衢州市柯城区府山街道新桥街，为中国仅有的两座孔氏家庙之一，素称“南宗”，占地面积14000平方米，建筑面积7490平方米。孔庙有三，家庙、国庙和学庙。孔氏南宗家庙历经南宋、元、明、清，至于民国，既是国家或官府祭祀及“州县文臣初至官”时“祇谒先圣”的官庙，又是南渡孔氏宗子率祖祭奠圣祖和历代祖先的庙宇。
自唐太宗贞观四年（630年）诏州县立孔庙始，国内凡建制县皆设文庙，然由宗子奉祀的家庙仅有二处：一在曲阜；二在衢州。据家庙内明正德十六年孔氏南宗家庙管理委员会敬立，定阳王阳君书丹、信安周敬林刻石《正德孔氏家庙五百周年碑记》载：“自宣圣四十八世宗子宋衍圣公端友扈跸南来，孔氏大宗世居三衢，迄今已历八百九十二年矣。南宋一朝六代袭封，鼎建家庙，衍圣弘道蔚为圣裔之南宗哉。缘让爵战乱等因，致其中衰二百余载。然族众传道授业屡见于史。明正德元年，宣圣五十九世宗子彦在绳再袭封爵，汲宣圣之智重振。南宋之家庙者初借州学后于菱湖新建，元初复迁城南。明正德十五年宣圣六十世宗子世袭翰林院五经博士承美请于有司，诏令辟县学旧址重建家庙，次年落成。孔氏之庙遍天下，家庙唯曲阜与衢州耳。”
孔氏南宗家庙缘于宋廷南迁。宋建炎三年（1129年），宋高宗率王室渡长江南下。衍圣公孔端友、族长孔传，率二十八位孔族精英，奉孔子与亓官夫人楷木像跟随高宗南下。因“扈跸南渡”有功，功敕赐庙，宅于衢州。“宗子去国，以庙从焉，亦礼也。”近九百年来，在孔氏大宗世袭公爵、让爵曲阜、复爵五经博士的历程中，家庙曾三易其址，俗称“州学”、“菱湖”、“城南家庙”和“新桥街”今庙及府、园。
宋绍兴六年(1136年)，高宗以“冀鲁疆之复，曲阜之庙可修”为理由“诏权以州学为家庙”，暂以衢州州学为孔氏家庙，并以孔氏族人人口计量赐田五顷，免租税，供祠祀和赡养族中幼单孤寡。衢州州学和衢州孔氏家庙合一维持了一百多年。此后，孔氏子孙在衢绵延，先后有六人被錫爵赐封，史称“六代公爵”。
宋宝祐元年(1253年)，衢州知州孙子秀奏请朝廷新建孔氏家庙。理宗拨款36万缗，诏建孔氏家庙于郡东北菱湖芙蓉堤。宝祐二年（1254年），衢州首座孔氏家庙建成，龙图阁大学士、礼部尚书赵汝腾为之碑记《南渡家庙碑记》。据碑记载：此前未建新庙主要在于“：“前此因循，冀鲁疆之复，曲阜之庙可修，岁月滋久，遂成缺典。”而此前祭祀亦简陋“：“朝命权以家庙寓学宫，春秋舍奠。袭封奉祠者，率族拜跪踧踖，献不与焉。退修鱼菽之祭，喧嚣湫隘，甚非所以崇素王也。”碑记中也记载了菱湖家庙的规制，菱湖家庙的建造仿照曲阜家庙的规制，“枕平湖，以象洙泗；面龟峰，以想东山。”“为屋二百二十有五楹”、“栋宇巍然，丹碧一新”。除庙门外，内有庙祠亭堂八座，中为玄圣殿即大成殿，祭祀孔子，东西两庑祭祀孔子的儿子孔鲤与孙子孔伋。玄圣殿西侧，作齐国公鲁国夫人庙，祭祀孔子父亲叔梁纥与母亲颜徵在。玄圣殿之后，作郓国夫人殿，祭祀孔子夫人亓官氏。此外，作专祠祭祀袭封者，“别为室，以祠袭封之得祠者”。此外还建有思鲁堂，为孔氏族人讲学之地，其东侧有咏春亭，为拜谒家庙的士人休息之所。
宋景炎元年(1276年)，即元至元十三年四月十三日，兰溪人章焴为首的农民军攻破衢城，烧毁菱湖、府山一带建筑，孔氏家庙同时被毁，只存在了22年。
菱湖家庙毁于兵火后，衍圣公孔洙后迁建于城南（今道贯巷南端崇文坊）。元朝建立后，元世祖欲统一孔氏二宗，让南宗回归山东。南宗五十三代孙孔洙申奏朝廷，因已有五代祖先在衢，舍之不忍，愿将世袭之“衍圣公”封号让于北宗孔氏族弟承袭。元至元十九年(1282年)，衍圣公孔洙让爵于曲阜族弟孔治。元世祖闻之赞曰：“宁违荣而不违亲，真圣人之后也”，遂准其奏。自此，南宗失其爵位，社会地位日衰，后曾一度沦为平民。据明初学者胡翰《孔氏家庙记》载，菱湖家庙“后毁于寇，乃徙城南。宋亡，元氏改物，至元间，曲阜之宗子斩其后，以端友之孙洙当袭爵，降旨徵之，洙入朝，固让，特授国子祭酒，归守江南庙祀。庙故书楼，其制非宝祐之旧，会兵革，益圮坏不治”。
元至正十九年（1359年），朱元璋率军攻取衢州等地，命知衢州军民事王恺修葺家庙；永乐初，礼部尚书胡濙过衢，命有司修葺孔庙；明弘治初，吏部郎中周木出使蜀地，路经衢州，指示衢州同知萧显增益孔庙。
明初城南家庙规模较小，有前殿(即正殿)、寝殿(即郓国夫人殿)及东西厢房，并“建大成之门与殿相称”，两侧厢房“东以待谒庙之宾，西设教读以训孔氏子孙”。建筑仅六座，具有祭祀、教育两重功能，是一种浓缩的文庙建筑。明弘治年间，罗璟所撰《重修家庙记》载：“绍兴年间，诏立庙赐田于衢，家庙之所由始，迄今三百余年矣。庙始建城北菱塘，规模弘阔，比拟曲阜。元季毁于兵燹，荡无遗宇，永乐初，礼部尚书胡公过衢见之，始命有司迁庙于郡城崇文坊，即今地也。岁久风雨震凌，不无朽弊。迩者，吏部郎中周君近仁出使蜀藩经衢谒庙，慨然顾谓二守萧君文明，此非有司之责乎?萧君诺，愿尽力。遂抽己俸为倡，措置增益。太守张君世英适至，益相与协力。庙有前殿，有寝殿，视柱石之坚固者仍其旧，其朽损者悉撤易之。榱题仰板，焕然一新。覆以筒瓦，翚飞翼翼。”
《明正德唐凤仪等呈部咨文碑》
明弘治末年，衢州知府沈杰缘于“南渡”、“让爵”等史实，疏请援例复爵。明廷遂于正德元年(1506年)，武宗诰授孔子五十九世宗子孔彦绳为世袭翰林院五经博士，享受衍圣公次子之待遇。从此，南宗复爵，至民国废除世爵，自五十九代到七十三代，孔彦绳到孔庆仪，先后袭封了十五位五经博士。民国三年(1914年)，北洋政府颁发《崇圣条例》，将南宗五经博士改称“大成至圣先师南宗奉祀官”。时任五经博士的孔庆仪改任奉祀官，孔府也被称为“奉祀官府”。孔庆仪为南宗首任奉祀官，世袭。此后，孔繁豪、孔祥楷曾任此职，历三代。
《明正德衢州孔氏家庙碑》，刑部湖广清吏司主事方豪
据《明正德唐凤仪等呈部咨文碑》（明正德十五年）记述，明正德十五年(1520年)，因城南家庙朽坏不堪，应孔子五十四世孙、第二代五经博士孔承美请求，巡按御史唐凤仪、布政使何天衢奏请朝廷，拨款将家庙移建于先义坊西安县学宫旧址(今新桥街)，翌年落成，保留宋敕建家庙形貌，并建有孔府，占地约七千平方米。兵部尚书兼东阁大学士谢迁、刑部主事方豪、广东副使徐文溥作家庙记。新桥街家庙“地位崇广，规制壮严，遐瞻阙里，实相辉映”（《明正德衢州孔氏家庙碑》，方豪），“展奠有地，博士有居，斋宿牲庖，燕集弦诵之所，无弗备者。”
兵部尚书兼东阁大学士谢迁《衢州重建孔氏家庙碑》中载：“我皇明太宗文皇帝时，有司请徙郡城南隅崇文坊，即今旧庙也。岁久就圮且隘。今博士承美，恒念弗称厥祀。分守左参议胡君镇，分巡副使丁君沂，为白于巡按监察御史唐君凤仪。唐君慨然图新之，时左布政使何君天衢，洎藩臬诸君曰：信宜新之，爰具疏得请。唐君躬诣经画，财取公羡，役以隙氓，委衢州府推官杨文升董其事。即西安县学旧址，界为二区，缭以高垣，立庙于东，作廨于西，外建二门，以别庙廨。地位崇峻，规制宏敞。经始于正德庚辰冬十一月丙子，讫工于明年夏四月辛亥。于是妥灵有地，收族有方，凡诸庖湢燕集之所，无弗焕然者，而庙始备矣!”
据明正德十六年《衢州重建孔氏家庙碑》载：“界为二区，缭以高垣，立庙于东，作廨于西，外建二门，以别庙、廨”。家庙三条轴线井然有序，家庙之西为博士公署（南宗孔府），孔府之后为花园。东为家庙西为孔府的格局奠定了今天孔氏家庙的基础。中轴线上依次有照壁、先圣庙门、大成门仪门、大成殿及寝殿，寝殿为楼阁建筑，上称思鲁阁，下称“燕居”，大成殿前两侧为东、西庑；中轴线东侧、东庑的南端为恩官祠，后称报功祠，前后两进，其前有方形水池，其后偏东为启圣祠；中轴线西侧、西庑的南端依次为袭封祠、六代公爵祠，与恩官祠相对称，再西为贯通南北的围墙，作为庙和庑的分界。孔庙的西侧为翰林院五经博士廨署，俗称孔府，为南宗历代五经博士办公与生活之所，依次建有孔圣先宗门、翰林公署（大堂）、尼山嫡派、圣泽楼（书楼，存放御赐诏书、赏赐之物的地方）四进建筑，楼后围墙外有咏春亭。
明正德十六年《衢州重建孔氏家庙碑》
《清顺治重建祖庙并设祭田碑》（1649年立，孔贞锐撰）
《清康熙衢州重修孔氏家庙碑》（1682年立，浙江总督李之芳撰）
《清同治重修孔氏家庙并赎濠田续置家塾义田记碑》（1867年立）
《清同治续置家塾宾兴田产碑》（1871年立）
《清咸丰孔氏承启家塾捐田碑》（1855年立）
此后，据《清顺治重建祖庙并设祭田碑》（1649年立，孔贞锐撰）记载北宗六十三世孙孔贞锐少时梦遇孔子教诲，后为官衢州，念南北一脉而重修祖庙并捐俸置祭田等事宜；《清康熙衢州重修孔氏家庙碑》（1682年立，浙江总督李之芳撰），追忆孔裔旧事，南宗家庙变迁，并叙康熙年三藩平乱后，重修家庙经过，胜赞此举为大功德；《清同治重修孔氏家庙并赎濠田续置家塾义田记碑》（1867年立）、《清同治续置家塾宾兴田产碑》（1871年立）、《清咸丰孔氏承启家塾捐田碑》（1855年立）等碑记都记载了清朝历代修葺捐建孔氏家庙的经历。
据《道光重修衢郡至圣家庙碑记》（1821年，谭瑞东撰），记述道光元年谭瑞东任衢州知府，重修思鲁阁，并移建于原址西北。为突显大成殿之巍峨，殿基增高五尺许。“崇圣祠以下，亦皆踵而新之，视旧制进深高广增十之二焉”。据兵部侍郎、浙江巡抚帅承瀛《清道光重修衢州孔氏家庙记》载：“衢之庙为博士子孙所世守，家法常存，式凭如在，与阙里之堂南北并峙，四方观礼而至止者，不啻溯洙泗而跻凫嶧也。”此次修建，奠定了现存孔氏南宗家庙的基本格局。
民国以来，衢州孔庙之损毁，主要在抗战时期与二十世纪六十年代。1942年和1944年，日寇先后两次侵犯衢州，孔庙焚毁严重。圣泽楼与孔府内宅付之灰烬，祭器、乐器丧失。二十世纪六十年代，孔庙再次遭受破坏。石碑被砸碎，五支祠、六代公爵祠、孔府等被拆除改建。
1998年，衢州市人民政府修葺家庙并复建了家庙西轴线上的五支祠、袭封祠、六代公爵祠，以及孔府、花园，于2000年5月竣工。2008年，东轴线的建筑物全部修复，依次是家塾、恩官祠、启圣祠、圣泽楼。
2004年，孔子第七十五世嫡长孙孔祥楷恢复了一度中断的孔氏南宗祭孔大典。2011年，定位“当代人祭祀孔子”的“南孔祭典”列入国家级非物质文化遗产。
孔氏南宗家庙座北朝南，平面呈纵长形，分中、西、东三条轴线，由家庙、孔府和后花园组成。家庙沿东轴线依次为孔氏私塾（问文、问己）、恩官祠、五王祠（崇圣祠）、圣泽楼；中轴线依次为正门、大成门、东西两庑、大成殿；西轴线依次为正门（孔氏先宗）、贵宾室、六代公爵祠（扈跸厅）、袭封祠（荣道堂）和思鲁阁。孔府沿中轴线依次为照壁、正门（东南阙里）、大堂、花厅、内宅，西侧为圣迹图碑长廊。后花园则有有朋堂、雁鱼台、园林和长廊，其间有亭、台、阁、榭、假山、回廊和池塘。
家庙
中轴线上，正大门为单檐歇山顶，面阔三间，上书沙孟海题“孔氏南宗家庙”匾额。门内院中四株数百年银杏树，两侧为碑廊。西侧立有《明正德衢州重建孔氏家庙碑》（正德十六年立）和《正德孔氏家庙五百周年碑记》两通石碑，东侧墙壁上嵌有与孔氏家庙历史变迁相关的明碑两块、清顺治一块、康熙一块、同治（两块）、咸丰一块共七块碑。
正大门
大成门
大成门面阔三间，单檐硬山顶。
从大成门而入，迎面就是家庙最主要的建筑大成殿。高23米，长和宽各9米。重檐歇山顶、面阔三间。明间挂有两块牌匾，上方为“大成殿”横匾，下方为“生民未有”牌匾，“生民未有”出于《孟子·公孙丑上》，孟子曰：“自有生民以来，未有孔子也。“由雍正皇帝御笔题写。殿内正中为大成至圣先师孔子坐像，上方为“万世师表”横匾，由康熙皇帝御题。两侧楹联：“气备四时与天地鬼神日月合其德，教垂万世继尧舜禹汤文武作之师”。右边为泗水侯，孔子儿子孔鲤，字伯鱼；左边为沂水侯，孔子孙子孔伋，字子思。
东庑为孔氏和孔氏南宗代表人物造像6尊，分别是孔端友（48世嫡长孙，南宗始祖）、孔洙（53世嫡长孙，元初让爵，南宗由此失爵）、孔彦绳（59世嫡长孙，明正德年间封“五经博士”，南宗由此复爵）、孔庆仪（73世嫡长孙，南宗首任奉祀官）、孔传（47世孙，孔端友的叔叔，北宋末年孔庭族长，兵部尚书，辅佐孔端友扈跸南渡，博览群书，有《东家杂记》、《后六帖》等传世之作，后世称为“圣裔哲人“）、孔仁玉（43世嫡长孙、五代“孔末之乱”后的中兴祖）。西庑是介绍孔氏南宗历史的碑刻，共有11方精致浮雕，分别是扬州陪祀、大宗南渡、赐家衢州、六代公爵、柯山讲学、孔洙让爵、论道东南、彥绳复爵、典礼有加、护卫圣像、泗淛同源。
西轴线正门由孔祥楷先生亲题“孔氏先宗”匾额，依次有贵宾堂（五支祠），祭祀孔氏历代先祖；六代公爵祠（扈跸厅），祀自孔端友至孔洙六代衍圣公；袭封祠（荣道堂）祀孔彦绳至孔庆仪十五代翰林院五经博士。
思鲁阁
思鲁阁位于西轴线最后一座建筑，为二层楼阁式，现辟为孔氏家庙陈列室。一层存有先圣遗像碑，高2.07米，宽0.851米，“先圣遗像“四字下还刻有“德配天地，道冠古今，删述六经，垂宪万世”
16个字。据说是孔子48代孙孔端友随驾南渡时从曲阜带来，并由孔端友按照唐吴道子的画作刻为石碑。碑的背面是“诏建衢州孔氏家庙”图。
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殿内神龛内还安放着孔府最珍贵的国宝孔子及亓官夫人楷木像(复制品)。相传是孔子得意弟子端木子贡为孔子守墓六年，期间思念老师所刻，被公认是世界上最早的孔子像。1959年，楷木像被曲阜孔氏家庙借走，此后一直未归。1934年，郁达夫先生参观孔氏南宗家庙时，描摹过它们：“楷木像藏在孔庙西首的一间楼上，像各高尺余，孔子是朝服执圭的一个坐像，亓官夫人的也是一样的一个，但手中无圭。两像颜色苍黑，刻划遒劲，决不是近代人的刀势。据孔先生(孔子73世裔孙孔熊瑞)告诉我们的话，则这两像，素来就说是出于端木子贡之手刻，宋南渡时由衍圣公孔端友抱负来衢，供在家庙的思鲁阁上，即以来衢州后的年限来说，也已经有八九百年的历史了。孔子像的面貌，同一般的画像并不相同，两眼及鼻子很大，颧骨不十分高，须分三挂，下垂及拱起的手际，耳朵也比平常人大一点儿。孔子的一个圭，一掛须，及一只耳朵，已经损坏了，现在的系后人补刻嵌入的，刀法和刻纹，与原刻的一比，显得后人的笔势来得软弱。”
东轴线依次为孔氏家塾（问文、问己）、恩官祠、五王祠（崇圣祠）和圣泽楼。恩官祠祭祀对孔氏南宗有恩的诸多官员中的代表，为左宗棠（清）、孙子秀（宋）、徐郁（明）、彭贯（明）、沈杰（明），李之芳（清）等；五王祠（崇圣祠）祭祀孔子五世祖，孔子的父亲叔梁纥、祖父伯夏、曾祖父防叔、高祖父祈父、太祖父木金父。雍正元年六月十二日，雍正皇帝连下五道圣旨，木金父被追封为“肇圣王”；祈父被追封为“裕圣王”；防叔被追封为“诒圣王”；伯夏被追封为“昌圣王”；叔梁纥被追封为“启圣王”；圣泽楼则存放朝廷所赐文墨和赠品。
孔府
由于历代孔氏宗子任职名称不同，孔府先后称为
“衍圣公府”、“博士府”和“奉祀官府”。孔府由大门、二门、大堂、世恩堂（花厅）和内宅组成，西侧还有孔子圣迹图碑长廊，由70方镶嵌在粉墙上的青石碑组成，雕刻全套的《孔子圣迹图》。
孔府大门前的照壁上，雕刻有《礼记·礼运》大同篇。二门两侧是纪晓岚书写的楹联：“与国咸休安富尊荣公府第，同天并老文章道德圣人家。”其中“富”字头上少一点，寓意“富贵无顶”；“章”字中间直通，寓意“文章通天”。
二门内是大堂，是孔府主人会见各级官员和众议家族重大事宜的地方。大堂内悬挂横匾“泗淛同源”。“淛”是“浙”的古体字，即浙江。“泗”即泗水。古洙水在今泗水县地与泗水会流至曲阜北，分为二水，洙在北，泗在南。（东汉郑玄注：“洙、泗，鲁水名。”）孔子在洙泗之间聚徒讲学，后以“洙泗”代称孔子及儒家。泗淛同源，就是山东曲阜的孔氏与浙江衢州的孔氏同源同宗。大堂后面为世恩堂，相隔一个天井，世恩是最后一任五经博士孔庆仪的本支堂名，是世代享受皇恩之意，是孔府宴客和家人逢年过节团聚之处。世恩堂之后是内宅，为嫡长孙家眷的居住处。孔府之北则是具有江南园林风格的花园，园中有朋堂、雁鱼台、亭台楼榭、池塘游鱼，竹林花草，还饲养有孔雀。
神州佛音（387）------衢州孔氏南宗家庙
神州佛音（387）------衢州孔氏南宗家庙
孔氏南宗家庙位于衢州市柯城区府山街道新桥街，为中国仅有的两座孔氏家庙之一，素称“南宗”，占地面积14000平方米，建筑面积7490平方米。孔庙有三，家庙、国庙和学庙。孔氏南宗家庙历经南宋、元、明、清，至于民国，既是国家或官府祭祀及“州县文臣初至官”时“祇谒先圣”的官庙，又是南渡孔氏宗子率祖祭奠圣祖和历代祖先的庙宇。
自唐太宗贞观四年（630年）诏州县立孔庙始，国内凡建制县皆设文庙，然由宗子奉祀的家庙仅有二处：一在曲阜；二在衢州。据家庙内明正德十六年孔氏南宗家庙管理委员会敬立，定阳王阳君书丹、信安周敬林刻石《正德孔氏家庙五百周年碑记》载：“自宣圣四十八世宗子宋衍圣公端友扈跸南来，孔氏大宗世居三衢，迄今已历八百九十二年矣。南宋一朝六代袭封，鼎建家庙，衍圣弘道蔚为圣裔之南宗哉。缘让爵战乱等因，致其中衰二百余载。然族众传道授业屡见于史。明正德元年，宣圣五十九世宗子彦在绳再袭封爵，汲宣圣之智重振。南宋之家庙者初借州学后于菱湖新建，元初复迁城南。明正德十五年宣圣六十世宗子世袭翰林院五经博士承美请于有司，诏令辟县学旧址重建家庙，次年落成。孔氏之庙遍天下，家庙唯曲阜与衢州耳。”
孔氏南宗家庙缘于宋廷南迁。宋建炎三年（1129年），宋高宗率王室渡长江南下。衍圣公孔端友、族长孔传，率二十八位孔族精英，奉孔子与亓官夫人楷木像跟随高宗南下。因“扈跸南渡”有功，功敕赐庙，宅于衢州。“宗子去国，以庙从焉，亦礼也。”近九百年来，在孔氏大宗世袭公爵、让爵曲阜、复爵五经博士的历程中，家庙曾三易其址，俗称“州学”、“菱湖”、“城南家庙”和“新桥街”今庙及府、园。
宋绍兴六年(1136年)，高宗以“冀鲁疆之复，曲阜之庙可修”为理由“诏权以州学为家庙”，暂以衢州州学为孔氏家庙，并以孔氏族人人口计量赐田五顷，免租税，供祠祀和赡养族中幼单孤寡。衢州州学和衢州孔氏家庙合一维持了一百多年。此后，孔氏子孙在衢绵延，先后有六人被錫爵赐封，史称“六代公爵”。
宋宝祐元年(1253年)，衢州知州孙子秀奏请朝廷新建孔氏家庙。理宗拨款36万缗，诏建孔氏家庙于郡东北菱湖芙蓉堤。宝祐二年（1254年），衢州首座孔氏家庙建成，龙图阁大学士、礼部尚书赵汝腾为之碑记《南渡家庙碑记》。据碑记载：此前未建新庙主要在于“：“前此因循，冀鲁疆之复，曲阜之庙可修，岁月滋久，遂成缺典。”而此前祭祀亦简陋“：“朝命权以家庙寓学宫，春秋舍奠。袭封奉祠者，率族拜跪踧踖，献不与焉。退修鱼菽之祭，喧嚣湫隘，甚非所以崇素王也。”碑记中也记载了菱湖家庙的规制，菱湖家庙的建造仿照曲阜家庙的规制，“枕平湖，以象洙泗；面龟峰，以想东山。”“为屋二百二十有五楹”、“栋宇巍然，丹碧一新”。除庙门外，内有庙祠亭堂八座，中为玄圣殿即大成殿，祭祀孔子，东西两庑祭祀孔子的儿子孔鲤与孙子孔伋。玄圣殿西侧，作齐国公鲁国夫人庙，祭祀孔子父亲叔梁纥与母亲颜徵在。玄圣殿之后，作郓国夫人殿，祭祀孔子夫人亓官氏。此外，作专祠祭祀袭封者，“别为室，以祠袭封之得祠者”。此外还建有思鲁堂，为孔氏族人讲学之地，其东侧有咏春亭，为拜谒家庙的士人休息之所。
宋景炎元年(1276年)，即元至元十三年四月十三日，兰溪人章焴为首的农民军攻破衢城，烧毁菱湖、府山一带建筑，孔氏家庙同时被毁，只存在了22年。
菱湖家庙毁于兵火后，衍圣公孔洙后迁建于城南（今道贯巷南端崇文坊）。元朝建立后，元世祖欲统一孔氏二宗，让南宗回归山东。南宗五十三代孙孔洙申奏朝廷，因已有五代祖先在衢，舍之不忍，愿将世袭之“衍圣公”封号让于北宗孔氏族弟承袭。元至元十九年(1282年)，衍圣公孔洙让爵于曲阜族弟孔治。元世祖闻之赞曰：“宁违荣而不违亲，真圣人之后也”，遂准其奏。自此，南宗失其爵位，社会地位日衰，后曾一度沦为平民。据明初学者胡翰《孔氏家庙记》载，菱湖家庙“后毁于寇，乃徙城南。宋亡，元氏改物，至元间，曲阜之宗子斩其后，以端友之孙洙当袭爵，降旨徵之，洙入朝，固让，特授国子祭酒，归守江南庙祀。庙故书楼，其制非宝祐之旧，会兵革，益圮坏不治”。
元至正十九年（1359年），朱元璋率军攻取衢州等地，命知衢州军民事王恺修葺家庙；永乐初，礼部尚书胡濙过衢，命有司修葺孔庙；明弘治初，吏部郎中周木出使蜀地，路经衢州，指示衢州同知萧显增益孔庙。
明初城南家庙规模较小，有前殿(即正殿)、寝殿(即郓国夫人殿)及东西厢房，并“建大成之门与殿相称”，两侧厢房“东以待谒庙之宾，西设教读以训孔氏子孙”。建筑仅六座，具有祭祀、教育两重功能，是一种浓缩的文庙建筑。明弘治年间，罗璟所撰《重修家庙记》载：“绍兴年间，诏立庙赐田于衢，家庙之所由始，迄今三百余年矣。庙始建城北菱塘，规模弘阔，比拟曲阜。元季毁于兵燹，荡无遗宇，永乐初，礼部尚书胡公过衢见之，始命有司迁庙于郡城崇文坊，即今地也。岁久风雨震凌，不无朽弊。迩者，吏部郎中周君近仁出使蜀藩经衢谒庙，慨然顾谓二守萧君文明，此非有司之责乎?萧君诺，愿尽力。遂抽己俸为倡，措置增益。太守张君世英适至，益相与协力。庙有前殿，有寝殿，视柱石之坚固者仍其旧，其朽损者悉撤易之。榱题仰板，焕然一新。覆以筒瓦，翚飞翼翼。”
明弘治末年，衢州知府沈杰缘于“南渡”、“让爵”等史实，疏请援例复爵。明廷遂于正德元年(1506年)，武宗诰授孔子五十九世宗子孔彦绳为世袭翰林院五经博士，享受衍圣公次子之待遇。从此，南宗复爵，至民国废除世爵，自五十九代到七十三代，孔彦绳到孔庆仪，先后袭封了十五位五经博士。民国三年(1914年)，北洋政府颁发《崇圣条例》，将南宗五经博士改称“大成至圣先师南宗奉祀官”。时任五经博士的孔庆仪改任奉祀官，孔府也被称为“奉祀官府”。孔庆仪为南宗首任奉祀官，世袭。此后，孔繁豪、孔祥楷曾任此职，历三代。
据《明正德唐凤仪等呈部咨文碑》（明正德十五年）记述，明正德十五年(1520年)，因城南家庙朽坏不堪，应孔子五十四世孙、第二代五经博士孔承美请求，巡按御史唐凤仪、布政使何天衢奏请朝廷，拨款将家庙移建于先义坊西安县学宫旧址(今新桥街)，翌年落成，保留宋敕建家庙形貌，并建有孔府，占地约七千平方米。兵部尚书兼东阁大学士谢迁、刑部主事方豪、广东副使徐文溥作家庙记。新桥街家庙“地位崇广，规制壮严，遐瞻阙里，实相辉映”（《明正德衢州孔氏家庙碑》，方豪），“展奠有地，博士有居，斋宿牲庖，燕集弦诵之所，无弗备者。”
兵部尚书兼东阁大学士谢迁《衢州重建孔氏家庙碑》中载：“我皇明太宗文皇帝时，有司请徙郡城南隅崇文坊，即今旧庙也。岁久就圮且隘。今博士承美，恒念弗称厥祀。分守左参议胡君镇，分巡副使丁君沂，为白于巡按监察御史唐君凤仪。唐君慨然图新之，时左布政使何君天衢，洎藩臬诸君曰：信宜新之，爰具疏得请。唐君躬诣经画，财取公羡，役以隙氓，委衢州府推官杨文升董其事。即西安县学旧址，界为二区，缭以高垣，立庙于东，作廨于西，外建二门，以别庙廨。地位崇峻，规制宏敞。经始于正德庚辰冬十一月丙子，讫工于明年夏四月辛亥。于是妥灵有地，收族有方，凡诸庖湢燕集之所，无弗焕然者，而庙始备矣!”
据明正德十六年《衢州重建孔氏家庙碑》载：“界为二区，缭以高垣，立庙于东，作廨于西，外建二门，以别庙、廨”。家庙三条轴线井然有序，家庙之西为博士公署（南宗孔府），孔府之后为花园。东为家庙西为孔府的格局奠定了今天孔氏家庙的基础。中轴线上依次有照壁、先圣庙门、大成门仪门、大成殿及寝殿，寝殿为楼阁建筑，上称思鲁阁，下称“燕居”，大成殿前两侧为东、西庑；中轴线东侧、东庑的南端为恩官祠，后称报功祠，前后两进，其前有方形水池，其后偏东为启圣祠；中轴线西侧、西庑的南端依次为袭封祠、六代公爵祠，与恩官祠相对称，再西为贯通南北的围墙，作为庙和庑的分界。孔庙的西侧为翰林院五经博士廨署，俗称孔府，为南宗历代五经博士办公与生活之所，依次建有孔圣先宗门、翰林公署（大堂）、尼山嫡派、圣泽楼（书楼，存放御赐诏书、赏赐之物的地方）四进建筑，楼后围墙外有咏春亭。
此后，据《清顺治重建祖庙并设祭田碑》（1649年立，孔贞锐撰）记载北宗六十三世孙孔贞锐少时梦遇孔子教诲，后为官衢州，念南北一脉而重修祖庙并捐俸置祭田等事宜；《清康熙衢州重修孔氏家庙碑》（1682年立，浙江总督李之芳撰），追忆孔裔旧事，南宗家庙变迁，并叙康熙年三藩平乱后，重修家庙经过，胜赞此举为大功德；《清同治重修孔氏家庙并赎濠田续置家塾义田记碑》（1867年立）、《清同治续置家塾宾兴田产碑》（1871年立）、《清咸丰孔氏承启家塾捐田碑》（1855年立）等碑记都记载了清朝历代修葺捐建孔氏家庙的经历。
据《道光重修衢郡至圣家庙碑记》（1821年，谭瑞东撰），记述道光元年谭瑞东任衢州知府，重修思鲁阁，并移建于原址西北。为突显大成殿之巍峨，殿基增高五尺许。“崇圣祠以下，亦皆踵而新之，视旧制进深高广增十之二焉”。据兵部侍郎、浙江巡抚帅承瀛《清道光重修衢州孔氏家庙记》载：“衢之庙为博士子孙所世守，家法常存，式凭如在，与阙里之堂南北并峙，四方观礼而至止者，不啻溯洙泗而跻凫嶧也。”此次修建，奠定了现存孔氏南宗家庙的基本格局。
民国以来，衢州孔庙之损毁，主要在抗战时期与二十世纪六十年代。1942年和1944年，日寇先后两次侵犯衢州，孔庙焚毁严重。圣泽楼与孔府内宅付之灰烬，祭器、乐器丧失。二十世纪六十年代，孔庙再次遭受破坏。石碑被砸碎，五支祠、六代公爵祠、孔府等被拆除改建。
1998年，衢州市人民政府修葺家庙并复建了家庙西轴线上的五支祠、袭封祠、六代公爵祠，以及孔府、花园，于2000年5月竣工。2008年，东轴线的建筑物全部修复，依次是家塾、恩官祠、启圣祠、圣泽楼。
2004年，孔子第七十五世嫡长孙孔祥楷恢复了一度中断的孔氏南宗祭孔大典。2011年，定位“当代人祭祀孔子”的“南孔祭典”列入国家级非物质文化遗产。
孔氏南宗家庙座北朝南，平面呈纵长形，分中、西、东三条轴线，由家庙、孔府和后花园组成。家庙沿东轴线依次为孔氏私塾（问文、问己）、恩官祠、五王祠（崇圣祠）、圣泽楼；中轴线依次为正门、大成门、东西两庑、大成殿；西轴线依次为正门（孔氏先宗）、贵宾室、六代公爵祠（扈跸厅）、袭封祠（荣道堂）和思鲁阁。孔府沿中轴线依次为照壁、正门（东南阙里）、大堂、花厅、内宅，西侧为圣迹图碑长廊。后花园则有有朋堂、雁鱼台、园林和长廊，其间有亭、台、阁、榭、假山、回廊和池塘。
家庙
中轴线上，正大门为单檐歇山顶，面阔三间，上书沙孟海题“孔氏南宗家庙”匾额。门内院中四株数百年银杏树，两侧为碑廊。西侧立有《明正德衢州重建孔氏家庙碑》（正德十六年立）和《正德孔氏家庙五百周年碑记》两通石碑，东侧墙壁上嵌有与孔氏家庙历史变迁相关的明碑两块、清顺治一块、康熙一块、同治（两块）、咸丰一块共七块碑。
大成门面阔三间，单檐硬山顶。 从大成门而入，迎面就是家庙最主要的建筑大成殿。高23米，长和宽各9米。重檐歇山顶、面阔三间。明间挂有两块牌匾，上方为“大成殿”横匾，下方为“生民未有”牌匾，“生民未有”出于《孟子·公孙丑上》，孟子曰：“自有生民以来，未有孔子也。“由雍正皇帝御笔题写。殿内正中为大成至圣先师孔子坐像，上方为“万世师表”横匾，由康熙皇帝御题。两侧楹联：“气备四时与天地鬼神日月合其德，教垂万世继尧舜禹汤文武作之师”。右边为泗水侯，孔子儿子孔鲤，字伯鱼；左边为沂水侯，孔子孙子孔伋，字子思。
东庑为孔氏和孔氏南宗代表人物造像6尊，分别是孔端友（48世嫡长孙，南宗始祖）、孔洙（53世嫡长孙，元初让爵，南宗由此失爵）、孔彦绳（59世嫡长孙，明正德年间封“五经博士”，南宗由此复爵）、孔庆仪（73世嫡长孙，南宗首任奉祀官）、孔传（47世孙，孔端友的叔叔，北宋末年孔庭族长，兵部尚书，辅佐孔端友扈跸南渡，博览群书，有《东家杂记》、《后六帖》等传世之作，后世称为“圣裔哲人“）、孔仁玉（43世嫡长孙、五代“孔末之乱”后的中兴祖）。西庑是介绍孔氏南宗历史的碑刻，共有11方精致浮雕，分别是扬州陪祀、大宗南渡、赐家衢州、六代公爵、柯山讲学、孔洙让爵、论道东南、彥绳复爵、典礼有加、护卫圣像、泗淛同源。
西轴线正门由孔祥楷先生亲题“孔氏先宗”匾额，依次有贵宾堂（五支祠），祭祀孔氏历代先祖；六代公爵祠（扈跸厅），祀自孔端友至孔洙六代衍圣公；袭封祠（荣道堂）祀孔彦绳至孔庆仪十五代翰林院五经博士。
思鲁阁位于西轴线最后一座建筑，为二层楼阁式，现辟为孔氏家庙陈列室。一层存有先圣遗像碑，高2.07米，宽0.851米，“先圣遗像“四字下还刻有“德配天地，道冠古今，删述六经，垂宪万世” 16个字。据说是孔子48代孙孔端友随驾南渡时从曲阜带来，并由孔端友按照唐吴道子的画作刻为石碑。碑的背面是“诏建衢州孔氏家庙”图。
殿内神龛内还安放着孔府最珍贵的国宝孔子及亓官夫人楷木像(复制品)。相传是孔子得意弟子端木子贡为孔子守墓六年，期间思念老师所刻，被公认是世界上最早的孔子像。1959年，楷木像被曲阜孔氏家庙借走，此后一直未归。1934年，郁达夫先生参观孔氏南宗家庙时，描摹过它们：“楷木像藏在孔庙西首的一间楼上，像各高尺余，孔子是朝服执圭的一个坐像，亓官夫人的也是一样的一个，但手中无圭。两像颜色苍黑，刻划遒劲，决不是近代人的刀势。据孔先生(孔子73世裔孙孔熊瑞)告诉我们的话，则这两像，素来就说是出于端木子贡之手刻，宋南渡时由衍圣公孔端友抱负来衢，供在家庙的思鲁阁上，即以来衢州后的年限来说，也已经有八九百年的历史了。孔子像的面貌，同一般的画像并不相同，两眼及鼻子很大，颧骨不十分高，须分三挂，下垂及拱起的手际，耳朵也比平常人大一点儿。孔子的一个圭，一掛须，及一只耳朵，已经损坏了，现在的系后人补刻嵌入的，刀法和刻纹，与原刻的一比，显得后人的笔势来得软弱。”
东轴线依次为孔氏家塾（问文、问己）、恩官祠、五王祠（崇圣祠）和圣泽楼。恩官祠祭祀对孔氏南宗有恩的诸多官员中的代表，为左宗棠（清）、孙子秀（宋）、徐郁（明）、彭贯（明）、沈杰（明），李之芳（清）等；五王祠（崇圣祠）祭祀孔子五世祖，孔子的父亲叔梁纥、祖父伯夏、曾祖父防叔、高祖父祈父、太祖父木金父。雍正元年六月十二日，雍正皇帝连下五道圣旨，木金父被追封为“肇圣王”；祈父被追封为“裕圣王”；防叔被追封为“诒圣王”；伯夏被追封为“昌圣王”；叔梁纥被追封为“启圣王”；圣泽楼则存放朝廷所赐文墨和赠品。
孔府
由于历代孔氏宗子任职名称不同，孔府先后称为 “衍圣公府”、“博士府”和“奉祀官府”。孔府由大门、二门、大堂、世恩堂（花厅）和内宅组成，西侧还有孔子圣迹图碑长廊，由70方镶嵌在粉墙上的青石碑组成，雕刻全套的《孔子圣迹图》。
孔府大门前的照壁上，雕刻有《礼记·礼运》大同篇。二门两侧是纪晓岚书写的楹联：“与国咸休安富尊荣公府第，同天并老文章道德圣人家。”其中“富”字头上少一点，寓意“富贵无顶”；“章”字中间直通，寓意“文章通天”。
二门内是大堂，是孔府主人会见各级官员和众议家族重大事宜的地方。大堂内悬挂横匾“泗淛同源”。“淛”是“浙”的古体字，即浙江。“泗”即泗水。古洙水在今泗水县地与泗水会流至曲阜北，分为二水，洙在北，泗在南。（东汉郑玄注：“洙、泗，鲁水名。”）孔子在洙泗之间聚徒讲学，后以“洙泗”代称孔子及儒家。泗淛同源，就是山东曲阜的孔氏与浙江衢州的孔氏同源同宗。大堂后面为世恩堂，相隔一个天井，世恩是最后一任五经博士孔庆仪的本支堂名，是世代享受皇恩之意，是孔府宴客和家人逢年过节团聚之处。世恩堂之后是内宅，为嫡长孙家眷的居住处。孔府之北则是具有江南园林风格的花园，园中有朋堂、雁鱼台、亭台楼榭、池塘游鱼，竹林花草，还饲养有孔雀。