国家发展改革委与国家中医药管理局按照国家中医临床研究基地遴选程序，经过初审、复审，最终共同确定了16家国家中医临床研究基地建设单位，于2008年11月26日进行了公示，于12月15日公布了最终确定的名单。

                            最初公示的名单

 ⑴重点研究中风病的基地：天津中医药大学第一附属医院、吉林省中医院；

 ⑵重点研究心血管病的基地：天津中医药大学第一附属医院、山东省中医院；

 ⑶重点研究糖尿病的基地：成都中医药大学附属医院、安徽省中医院；

 ⑷重点研究慢性肾脏病的基地：广东省中医院；

 ⑸重点研究肝病的基地：湖南中医药大学附属第一医院、湖北省中医院；

 ⑹重点研究脾胃病的基地：江苏省中医院；

 ⑺重点研究血液病的基地：浙江省中医院；

 ⑻重点研究艾滋病、慢性阻塞性肺病的基地：河南中医学院第一附属医院、新疆维吾尔自治区中医医院；

 ⑼重点研究恶性肿瘤、骨退行性病变的基地：上海中医药大学附属龙华医院；

⑽重点研究妇儿病的基地：黑龙江中医药大学第一附属医院、辽宁中医药大学附属医院；

⑾重点研究民族医的基地：西藏自治区藏医院。                                            

                            最后确定的名单 

（1）重点研究冠心病、中风病的基地：天津中医药大学第一附属医院、吉林省中医院；

（2）重点研究高血压病的基地：山东省中医院；

（3）重点研究糖尿病的基地：成都中医药大学附属医院、安徽省中医院；

（4）重点研究慢性肾脏病的基地：广东省中医院；

（5）重点研究肝病的基地：湖南中医药大学附属第一医院、湖北省中医院；

（6）重点研究脾胃病的基地：江苏省中医院；

（7）重点研究血液病的基地：浙江省中医院；

（8）重点研究艾滋病、慢性阻塞性肺病的基地：河南中医学院第一附属医院、新疆维吾尔自治区中医医院；

（9）重点研究恶性肿瘤、骨退行性病变的基地：上海中医药大学附属龙华医院；

（10）重点研究妇儿病的基地：黑龙江中医药大学第一附属医院、辽宁中医药大学附属医院；

（11）重点研究民族医的基地：西藏自治区藏医院。

    最终确定的基地建设单位名单与公示阶段的名单相比略有变化。其中，公示时的“重点研究中风病的基地”在公告中改为了“重点研究冠心病、中风病的基地”，该项基地建设单位仍为公示时的天津中医药大学第一附属医院和吉林省中医院；而公示中的“重点研究心血管病的基地”在公告中改为了“重点研究高血压病的基地”，建设单位由公示时的天津中医药大学第一附属医院、山东省中医院2家减为山东省中医院1家。其余均与公示名单一致。