EMBOSS 是"The European Molecular Biology Open Software Suite"的缩写，是一个开放源代码的序列分析软件包，它是一组为分子生物学家所设计的公开且免费软件。该软件能够自动识别处理以不同格式存储的数据，甚至可以通过互联网提取数据，此外同软件包一同提供的还包括大量的程序库，软件包整合了 100多个的序列分析程序，可以满足一般实验室的各种各样的序列分析要求。并且，因为该软件包同时提供了一个扩展库，它也是允许其他科学家依据自由软件精神编制、发布软件的一个平台。EMBOSS 同时将现在可以得到的一系列序列分析工具整合成一个无缝的整体。
使用者可以通过三种不同的方式使用 EMBOSS 软件：第一种是通过命令行的方式；第二种是通过 X-Windows 的方式使用 EMBOSS 软件的图形界面；第三种是内联网的方式。使用者可以免费获得以及这些软件以及相关界面程序。
通过前几节课的学习，我们已经学习了 water、needle、dottup、dotmatcher、dotpath、polydot、pepwheel、pepnet、tmap 等多种 EMBOSS 软件包中的工具，下面就对这几个工具的使用作一个简要的总结。
首先 water、needle、dottup、dotmatcher、dotpath、polydot 属于序列排比分析（Sequence Alignment）工具，上次已经做过总结，这次再简要谈一下。dotplot是以点阵图来分析序列的相似性，能够在全局直观的反映两条或多条序列的相似程度。needle 和 water 程序则是用来精确排比分析两条序列相似程度，计算得分、一致性及相似性。在 dotplot 中，dottup 是两条序列精确匹配的作图方法，这个程序的执行方式是在给定序列长度(word size) 下逐一比对，找到完全相同的序列片段。而 dotmatcher 是两条序列近似匹配的作图方法，并不像 dottup 那样要求特定长度的序列完全相同，它的执行方式是通过设定 threshold 来图示序列的相似度，只要在给定的 window size 内，各碱基或氨基酸的配对得分高于设定的threshold，便可以在图示中表现出来。Dotpath 是 Non-overlapping wordmatch dotplot of two sequence,即两条序列不重叠的逐个匹配的作图方法。它与 dottup 类似，但是排除了重叠的情况，序列不再进行重复的排比。最后一个 Polydot 则是display all-against-all dotplots of a set of sequence，是一个多个序列比对的作图工具。用它可以进行多个序列两两之间的排比分析。
needle是用来寻找两条序列整体的最相似的区域 (global alignment)；而water则是用来寻找两段序列间最为匹配的区域(local alignment) 。needle是将两条序列从头到尾完全并列的分析，即使序列长度不一致，也会在两端补上大段的gap，并计算在得分和相似性之内；water则只列出中间最相似的区域两条序列，其余两端不匹配的片断略去不列出来，适合在较长的序列中找到相似性较高的片断。
Needle、water程序可以和dotplot结合起来使用，对于实验中获得的序列，我们可以先用dotplot进行整体上的分析，找出相似区域，然后以needle或water进行进一步的排比分析。同时，dotplot也可以比较cDNA和genomic sequence，用来判断exon在genomic sequence中的位置。
上节课学习的tmap、pepwheel、pepnet属于蛋白质二级结构分析工具，由于在本地通过命令行方式运行程序不需要依赖网络条件，所以我在Fedore core3系统下安装了EMBOSS软件包进行了练习。
tmap用来查看该蛋白是否具有跨膜区，我用我们实验室做的Ralstonia solanacearum GMI1000的aac基因表达的蛋白质做材料,建立序列文件命名为gmi1000,FASTA格式,用tmap明令查看它的跨膜区域,在终端下输入：
[valentine@localhost aac]$ tmap gmi1000 gmi1000.tmap -graph png -go gmi1000
显示 Displays membrane spanning regions
Created gmi1000.1.png
查看图形 [valentine@localhost aac]$ display gmi1000.1.png

http://www.bbioo.com/bio101/UploadFiles/200712/20071211201447631.gif工具使用总结" TITLE="EMBOSS 工具使用总结" />