任何动物怀疑存在先天性PSS，能引起相似临床症状的因素（胃肠道寄生虫、肾上腺皮质机能减退、蛋白丢失性肠病、其它原发性肝病、MVD/PVH、NCPH和HAVM）均应排除。如果胆汁酸检测暗示PSSs，鉴别MVD、NCPH、HAVM和PSS是必要的。使用血浆C蛋白活性据报道可帮助鉴别MVD和PSS（C蛋白水平在MVD患犬约88%>70%，而在PSS患犬较低）。这结合先前的影像学诊断做进一步评估。如果肉眼可见的分流仍不能鉴别且高度怀疑，伴有或不伴有门脉压力检测的肝脏活组织样本应该获得以诊断各种形式的PVH。如果在存在腹水和肝功能紊乱的临床病理学异常的幼犬未发现HAVM，则有可能存在NCPH，肝组织有必要进行组织学检查以排除其它严重肝病并指导治疗。其它肝脏疾病（慢性肝炎、硬化或钩端螺旋体病）可能存在相似症状，但更长见于较老的犬，经常出现高胆红素血症。如果出现高氨血症和肝性脑病且无PSS表现，应进行尿代谢性筛查以判断是否存在鸟氨酸氨甲酰转移酶缺乏症、甲基丙二酸血症或其它尿素循环代谢异常。