犬甲状腺机能减退的预后取决于潜在的病因。

    对于原发性甲状腺机能减退的成年患犬，接受适当的治疗后，其寿命将不受影响。补充甲状腺素后，多数临床症状会消失。幼犬甲状腺机能减退（呆小病）的预后慎重，并取决于开始治疗时骨骼和关节异常的严重程度。虽然治疗后多数临床症状会消失，但由于骨骼关节发育异常，特别是退行性骨关节炎，可能会出现骨骼肌肉疾病。脑垂体发育异常或破坏继发甲状腺机能减退时预后谨慎至不良。对于先天性脑垂体发育异常（垂体性侏儒症）的犬，其寿命将会缩短，这主要是由于生命早期出现多种疾病引起的。后天继发性甲状腺机能减退通常是由于占位性肿物的局部破坏引起，这种肿物可扩散进入脑干。