选用16S rRNA或18S rRNA作为生物进化和系统分类研究有以下几个优点：① 它们普遍存在于一切细胞内，不论是原核生物还是真核生物，因此可比较它们再进化中的相互关系；②它们的生理功能既重要又恒定；③在细胞中的含量较高，较易提取；④编码rRNA的基因十分稳定；⑤rRNA的某些核苷酸序列非常保守，虽经30余亿年的进化历程仍能保守保持在原初状态；⑥相对分子量适中，例如，在原核生物rRNA所含的3种rRNA即16S rRNA， 23S rRNA和5S rRNA中，其核苷酸分别为2900、1540和120个，在真核生物rRNA 所含的3种rRNA即28S、18S和5.8S rRNA 中，其核苷酸数分别为4200、2300和160个。尤其是16S rRNA和18S rRNA不但核苷酸数量适中，而且信息量大、易于分析，故成为了理想的研究材料。