“科学松鼠会”的雏形是一个以科学写作为主题的电子邮件群。2007年末，复旦大学的脑神经博士姬十三告别了整日在实验室里的生活，来到北京并建立了名为“松鼠会”的邮件群，方便同为科普写作爱好者的科学家、媒体人们之间联络交流。

到 2008年年初，通过姬十三不遗余力地“拉拢”科普写手，“科学松鼠会”的规模迅速扩大，到 3月底的时候已经达到了 40多人。2008年 4月 13日，“松鼠”开设了一个群博，为大众提供了一个可以看到有趣科学文章的地方。这些“松鼠”中间不乏各路英雄：山东滨州医学院教师瘦驼通过朋友的介绍进入了“科学松鼠会”，如今他每天花在科学写作上的时间比花在教学工作上的时间更多；芝加哥大学就读的桔子，曾拿过北大的“五四奖章”，是名副其实的理科高材生；食品工程学博士云无心参考其在美国的工作经验，撰写了大量关于食品安全的文章……

姬十三曾经如此形容过来自四面八方的写手们：“有时候我恍惚觉得，这些人本来猫在一个大房子的各个角落里，一敲锣喊吃饭就全冒出来了。想起小时候读过的武侠，隐匿多年的帮派老人决定复出，燃一缕狼烟，消息被传递至村庄、城市、山区和荒漠，正在田间耕种的老汉、街头被人欺负的小贩、喝酒赏花的公子哥，原来都是默默隐忍的江湖高手，他们伸个懒腰，挺起身，念叨道，'该出发了'”。

“科学松鼠会”博客建立不久就碰上了“汶川大地震”。一时间，互联网上流言四起。“松鼠”们在积极参与抗震救灾的同时也开始利用自己的专业知识分析各种流言与信息，发表了一系列与地震相关的文章，帮助网友们消除恐慌心理。“科学松鼠会”由此引起了公众的广泛注意。

奥运临近时，“科学松鼠会”又专门推出了“奥运专辑”。首篇推出《止咳药中为什么含兴奋剂？》，作者薄禄龙针科学解密咳嗽糖浆等药物中的“兴奋剂”成分。

该专辑从奥运科技装备、天气控制、奥运村科技等角度多方面、全方位地解析与奥运相关的种种科学知识。

与此同时，随着公众影响力的增大，“松鼠”们尽可能地提高自己科学写作的能力，在被博友的赞许或挑刺儿中，文章质量得到了飞速提升。除了一般的科普文章之外，“科学松鼠会”博客还开设了许多有趣的栏目，比如类似“十万个为什么”的 “Dr. You”竞答，让志愿者参与翻译国外优秀科学文章的“小红猪”项目等等。博客诞生不过半年，有趣、活跃的科学传播方式迅速赢得了很好的口碑，博客的日访问量达到了 2万左右，还入围 2008年全球华文部落格最佳博客奖，成为了中国圈子文化中最大的黑马。

“我想用行动告诉科学同行：如果你热爱科学，却不打算和实验室终生相伴，也不一定要放弃所学，完全可以换一种两者结合的方式，用文字来传播科学之美。”姬十三说。

2009年 10月，一场盛大的科学嘉年华把“科学松鼠会”推向舆论的巅峰。它是由“科学松鼠会”发起并主办的大型科学节，短短一周内共举办了 24场科学相关活动，包括演讲、沙龙、现场实验、化妆晚会、交友 Party、科学音乐剧等多种形式，成为科学青年的大聚会，参与人数累计超过 3000人次。

其实，早在 2008年下半年，“科学松鼠会”的活动就不仅限于博客领域，而开始了线下的频繁互动，比如推荐书活动，每个“松鼠”会推荐一本他所在专业领域的入门级书籍，供入门参阅。“小姬看片会”是另一种形式的互动，即每期选 1到 2部科普大片，召集松鼠们一起观影，在分享科学视觉化大餐的同时，邀请幽默思维的科学专家作点评。而通过先后 2009年发行《当彩色的声音尝起来是甜的》、《吃的真相》和《一百种尾巴或一千张叶子》三本文集，“科学松鼠会”让科普图书成为了畅销品。此外，还有科普讲座、阅读沙龙以及带领科学爱好者访问科学场馆和户外观测的“达文西行走中队”等等活动。

如今，去参加“科学松鼠会”的活动，已成为京沪两地青年人的新时尚。

2009年，《南方人物周刊》评选“我们时代的青年领袖”，“科学松鼠会”获得了团体奖。2010年 3月，汇集了四位擅长解读动植物知识的“松鼠”的精选文集《一百种尾巴或一千张叶子》出版，旨在让越来越远离大自然的都市人群中引领一种博物学精神的回归。

“科学是与生活息息相关的，我们想让科学看起来更亲切，让科学流行起来，让更多的人喜欢科学。”这是姬十三和“松鼠”们的理想。