牛首山有寺院肇始于南朝初年。唐朝贞观时期，寺院规模宏大，名为佛窟寺，为禅宗之前“牛头禅”发祥地。北宋后易名宏觉寺。南宋毁于战乱，明代复兴。时至1856年，寺院毁于洪杨之乱，香火中断百年。

恭逢盛世，为继承传统文化，江宁区重建文化胜地。2012年开山，2015年全面峻工。征得文化界知名人士和佛教界高僧建议，以供奉于牛首山地宫的佛顶舍利命名，取名佛顶寺。

佛顶寺为牛首山主要建筑之一，占地面积六十八亩，建筑面积近四十亩，仿唐风格，传统中轴线格局。共有殿堂七座，外围有僧竂、斋堂等建筑。

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