论文和学位论文常见逻辑错误
一些已经发表的和正在投稿中的论文，存在着逻辑错误，高影响因子刊物也不能幸免。不是说有这个毛病，论文就没有任何价值了，但这样的论文可能有一天成为“低水平研究时代”的证据，让我们所处时代的科研工作者蒙羞。常见的几种错误简述如下，期望今后能减少。
1
“未见”作为“不存在”的证据
某件事没有被观察到，所以不存在，这种论证方式很常见。在引言里，作者暗示本项研究前人没有做过，理由是“未见文献报道”，实际情况往往是作者本人不知道前人文献，同时想当然地认为别人也不知道。还有一个例子，说全新世高海面事件（指海面高程高于目前的情况）不存在，理由是整个区域都没有找到对应于高海面的沉积记录，对此南京大学朱大奎老师有一句很到位的评论，他说：“在沉积记录研究里，有是有的证据，但没有不是没有的证据”。
2
“不同”作为“变化”的证据
围垦要建造新海堤，海堤建造前后有什么变化？这个问题，有的研究者决得很简单，到实地找一块地方，进行围垦前后的某些数据采集，如潮水沟分布、潮流流速大小、波浪大小、植被生长情况等，回来后做些对比，如果相同，就是无变化，如果不同，就是有变化。但相同与否，即使不建海堤不是也照样有？失误在于，同一个系统可以有不同的状态，这叫Variability（变幅），但不同系统内部趋势性的演化结果，或者是发生系统状态转换之后出现的差异才是Change（变化）。所以，要确定是变幅还是变化，光看差异是否存在还不行，还要看演化趋势和系统状态特征，所以不是简单的事情。
3
相关性混同于机理解释
相关性分析，可操作性强，经常用来建立经验关系。但是，此类经验关系是否成立，需要明确定义域或适用范围。例如，在某个特定的潮间带区域，从高潮位到低潮位的沉积物类型不同，每一种类型堆积的高程范围不同，因此沉积物类型可以表达为高程的函数，对于这个地方，此函数是成立的。但如果把这一关系表述为：高程决定了沉积物的类型，某类沉积物一定分布于某高程，这就犯了将相关性混同于机理解释的毛病。沉积物的堆积地点受到物源供给、水动力特征、宏观地形等条件的影响，并非仅仅受控于高程。因此，换个环境，沉积物堆积的格局可以大不同。
4
一元线性回归分析：自变量和因变量互换
一元线性回归分析被用来建立两个变量之间的统计关系，评价两变量之间的相关性大小，从回归常数中获得重要参数。但两个变量，哪个是自变量，哪个是因变量，是不能互换的，否则会得到不同的回归方程和回归常数，虽然相关系数仍旧相同。这个特点是常用软件所依据的高斯假定所带来的。高斯在导出回归算法时假定，自变量无观测误差，因变量有观测误差。所以要选择没有或较小观测误差的变量作为自变量。有时候，两个变量的误差相近，此时需要考察x轴变量和y轴变量互换带来的影响。不幸的是，有些作者根本不考虑果这个问题。
5 “机理的过程”
有一篇论文，说要针对某种现象的机理，进行过程研究。按照定义，过程是指与某个系统有关的某种因素影响该系统的方式，而机理是过程的各种组合，其中之一与该系统的某个现象相对应。如此，“机理的过程”到底是想研究什么，是说不清楚的。通常情况下，研究次序应是过程在先、机理在后。
6 结论和前提倒置
有一种奇特的辩论方法，说“所有的精神病患者都不承认自己是精神病患者，现在张三拒不承认得了精神病，这正好说明他有精神病”。用这个不合逻辑的说法开个玩笑是可以的，但付诸行动则会酿成灾难，到街上去问问每个路过的行人，恐怕绝大多数都有精神病，要关到精神病院去。与此相对照，说“河流入海通量减小导致河口区发生侵蚀，观测表明，现在侵蚀正在发生，这正是河流入海通量减小的效应”，是否有点问题。实际上，凡是这种情况，得出的结论最多是或然性的，能否坐实，要看能否排除掉其他的所有可能性。
7
“案例”误为“典型代表”或“普适描述”
地学研究经常要进行现场观测。长江口向海输送沉积物，强度是多大？好的，选定大、中、小潮的时期各一天，再选择一些站位，进行现场观测。从观测数据中，可以计算出一个数值。这个数据就是问题的答案。这个方法暗示，所进行的观测是具有代表性的，甚至是普适的：“不信你再测？还是这个结果”。然而，我们怎么知道真实情况的确如此？只有在了解系统行为的各种可能性及其出现的频率，才能评价“代表性”。不少发表的论文，对所选案例在整个系统中的典型性和代表性，是回避不谈的，也就是说，无论研究了多少案例，我们还是不知道整体情况究竟怎样。
8 “综合分析”
什么叫“综合分析”？一些论文中宣称要进行这种分析，但实际上是把所有的现象又罗列了一遍，把说过的话又重复了一遍。在操作层面上，“综合”应该是归纳的，也就是说，要从个案中，通过变动范围、出现频率、典型性/代表性评价等方式，总结出一般的预测性陈述，例如对长江口沉积物输运观测结果进行归纳，给出“代表性输运强度”及其计算方法。“分析”应该是演绎的，例如从长江口沉积物输运公式中，可以得出特定情况下的输运强度。因此，具体的操作要么是归纳的，要么是演绎，并没有一种叫做“综合分析”的动作。当然，对数据可以既做归纳，又做演绎，但这是做两件事，不是一件事。
9
“地理环境决定论应彻底抛弃”
在人文地理学研究中，曾经产生过一种真正的科学理论，称为“地理环境决定论”。不幸的是，人们以地理环境不是唯一决定因素为由，批判并抛弃了这个理论，致使这个有潜力的方向被迫放弃。任何科学理论，都要针对特定的系统，在这个系统之外理论是否适用，与理论本身无关。“地理环境决定论”说的是，一个地方是否重要，是受到其环境条件制约的。把地理环境当成一个系统，然后对其各个部分的重要性进行分类，然后考察各自的条件，从而得到一个总体图景，这完全符合科学研究的流程和规范，研究中的一些缺陷，如“重要地方”、环境条件、支配程度、时间演化格局的定义，可以通过进一步研究来克服。科学理论通过明确定义域、提升预测的可靠性而得到发展，并进一步开拓出新领域。所以，人们犯下的这个错误对人文地理学打击不小，历史上这种错误还一犯再犯，对待马尔萨斯的人口理论就是如此。
10
局部差异大小作为影响大小的证据
相同和不同，经常被用来作为影响大小的证据，但没有考虑到系统演化的时间尺度问题。例如，在环境影响评估中，施工前后的环境特征用模拟结果的差异来表征。因为地貌演化受到水动力条件、沉积物输运条件的影响，所以用施工前后的水动力和地貌对比被认为可以说明施工的影响。做起来也不困难，模拟一下施工前后的流场和地形，对比结果就出来了。然而，这里有一个天大的漏洞：模拟的时间尺度远小于地貌演化的时间尺度。有时，施工导致地貌系统的状态转变，从此其演化将导向另一个方向，最终变得面目全非。但在各种“环境影响评估”报告中这一点基本上是不管的。打个比方，优秀的和平庸的研究者，其差异要在后来的学术生涯中才能看出，如果只对比前一两年，不大可能有巨大的差异吧。
论文的质量标准与判据的新想法
传统学术论文的形式是英国皇家学会于19世纪中叶确立的，这一形式有利于提高论文内容的传播或展示效率。论文一般可概括为三种类型，即展示新发现、新方法、新理论的论文。有一个学术传统是，每一类论文都要尽量完善之后才拿出去发表，这一过程需要较长时间。由于事关科学家的学术荣誉分配，因此美国科学社会学家R.
Murton 教授主张科学家在发表结果之前应尽量保密，以保障论文的首发权。
在科学发展的一定阶段，这一办法是有效的，既可以鼓励科学家努力工作，也能够保证荣誉的合理分配。然而，长远地看，这也会造成研究对象的日益破碎化，论文内容越做越细，科学家之间出现隔离状态，相互之间难以沟通。由此产生的问题是研究的创新性和趣味性都逐渐降低了，科学家从事科研工作的荣誉感也下降了。
近年来，在原来的三种论文之外，出现了“新想法”论文，改变了论文发表的格局。新想法论文的含义是研究不必达到完善的程度，只要能对别的研究者有启发、能够引发科学家群体的响应，就值得发表。许多“高影响因子”刊物的特点都是发表这类论文，“Nature”和“Science”则明确表示鼓励新想法论文。其积极意义是可以在一定程度上克服前述的消极现象。
目前，虽然已经产生了许多很有价值的新想法论文，但对于这种新类型，科学界尚未完全做好准备，由此产生了一些负面影响。有些作者为了引起轰动效应，采取了歪曲事实（甚至造假）、违反逻辑论证原则的手段。例如，某种自然现象由于所涉及的过程和机理复杂，可能具有多解性，此时，有的研究者会故意隐藏掉可能性大但看上去不够新颖的解释，而突出一个看起来十分耀眼的可能性，这往往可以骗过许多编辑和审稿专家，也印证了学术界的一句老话：“逻辑越糟糕，结论越有趣”。实际上，这样的论文并不含有新想法，对论文发表方式的改进起了破坏作用。
因此，就像对新发现、新方法、新理论论文要有质量控制标准一样，新想法论文也应有质量判定的标准，刊物编辑也有进行质量控制的任务。关键是那些标准或判据应该贯彻于审稿过程？首先，需要检查论文所含的是否真是新想法。有些论文为了“卖个好价钱”，做了大量的包装或伪装，如变换名词和术语的形式，而其内容早已被学界所知晓。
其次，要检查科学前提或基本假设是否符合逻辑，然后再来看科学前提或基本假设是否具有新颖性。最后，可检查如果按照论文提出的想法去进行研究，是否可以定义过去没有的变量、是否可望产生过去没有的方法技术、以及是否具有产生新型数据、新型仪器的潜力。依照这些标准，有可能提高新想法论文的质量，有助于学术刊物的活跃化和健康发展。
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