1904年，英、美、加拿大三国基督教会的5个差会（美以美会、公谊会、英美会、浸礼会、圣公会）中美以美会负责人毕启、甘莱德，英美会负责人启尔德、杜焕然，公谊会负责人陶维新，草拟了创办华西协合大学的计划，当时的成都市民称为“五洋学堂”， 华西协合大学仿照牛津、剑桥模式，实行书院制。

1910 年3月11日，华西协合大学正式开学，入校新生共11 人，教师8 人(中籍2 人，西籍6 人)； 开设文(分为普通文科和政治、历史二组)、理、教育三科。

1914年，华西协合大学以先前成立的存仁、仁济医院为基础，设立医科。次年，增设宗教科。

1917年，林则在成都开设了中国首家牙科诊所，並在华西协合大学成立了牙医科，使华西协合大学成为了中国口腔医学的发轫地。

1924年，华西协合大学开始招收女性学生。

1927年，学校开始向中国教育部門申請备案。1933年，中华民国教育部同意了华西协合大学的备案要求。

1930年代，华西协合大学人类学家葛维汉对广汉三星堆进行了首次发掘。

1937年中日战争爆发后，华西协合大学与迁来成都的齐鲁大学、金陵大学、金陵女子文理学院、中央大学、燕京大学等校联合办学。为躲避日军对成都轰炸，学校一度迁往峨嵋山脚下。

1951年，华西协合大学被改名为华西大学。1952年院系调整中，华西协和大学被肢解，学校医学院接收了重庆大学医学院后建立四川医学院（1953年定名为四川医学院，20世纪80年代改成华西医科大学，2000年并入四川大学，成为如今的四川大学华西医学中心，原校区也成为了现在的四川大学华西校区)；文理哲学院被合并，藏品丰富的历史博物馆则调整到川大，其中社会学系及民族学(即人类学)组于半年后年从四川大学划并入西南民族学院(今西南民族大学)；工学院被合并给成都科技大学(1997年与四川大学合并为四川联合大学)；农学院被合并给四川农学院（今四川农业大学，迁至雅安)。