“铁道部在赔钱，怎么搞公司？之后怎么经营？搞股份制，谁来入股？发债券，将来怎么还？”“签订合同，又违反铁路部门的原则，因为铁道管理是半军事性的，有政治部。比如从东北运大米，都是计划性运营，没办法改。”全国政协委员、北大光华管理学院名誉院长厉以宁说，这些都是此前阻碍机构改革的众多问题，因此只有广深铁路一家在改革，其他都搞不起

2.6万亿债务如何解决，是改革关键之一.新组建的铁路总公司因为规模庞大，职能重要，所以直接归国务院管，不是归国资委管。 铁道部财务报告显示，截至2012年第三季度，铁道部总资产人民币43044亿元，总负债为26607亿元，资产负债率为61.81%。有业内人士表示，铁道部2.6万亿的债务如何解决，是改革的关键问题之一。

全国政协委员、中国建设银行行长张建国也表示，铁道部门的大量债务对市场稳定影响巨大。此外，铁道部下属十八个铁路局，员工总数约200万，机构改革后如何确保金融市场的稳定和员工队伍的稳定，是工作重点所在。

中国社科院原副院长刘吉：大部制改革留下历史笑柄：许多改革都是打着改革的牌子，根本不是改革，比如大部制这算是什么改革？结果合并了一些部，一个部长，十几个副部长，前二位副部长还括“正部级”……留下历史的笑柄。