集庆门内有仓顶元代古井。该井的特别之处是井栏分上下两层，下层井栏内不仅能容纳20余人，还嵌有四尊托天铸金刚，虽历经700余年，水质仍清冽甘醇。
鸡鸣寺有胭脂井，又称“辱井”。
紫金山头陀岭有白云井。相传六朝时萧思话随宋武帝刘裕到此，就以此井之水品茗山巅云雾茶。该井至今犹存，素有“清茶一杯、解渴三日”之称，是南京最高的一处古井。
玄武湖梁洲有铜钩井。该井栏为黄白红相间的八面井栏，相传掘于六朝，清代清淤时因获六朝铜钩一具而得名。井沿篆书“铜钩井”为廖纶手迹。是一处四面环水的千年古井。
清凉山有还阳井。该井为南唐清凉寺广慧禅师所掘
西库村古井。传说村庄原有四口西晋古井，现仅存一口，为名门望族遗物。井栏为六瓣荷花状，有数十条深凹绳槽。该井千年不竭，水质上乘，传为“二千年古井”。
东镇庵有东汉古井。据庵墙碑文，为东镇庵第一代禅师慧净所掘。高台圆形井栏为黑色灵璧石所雕，虽历经1700余年，仍是村民和36代传人隆慈师太的饮用水。
江嵊古井群。自秦代始，古邑江嵊就有“龙泉胜境”之称。直到明清仍保留有“七街七桥连七井”之说。现存八卦井、元宝井依然水量充沛。传说秦始皇东巡，徐达视察军务、乾隆寻父都来过江嵊，并饮用这里的井水。
乌衣井。据《丹阳记》记载，公元229年，东吴戍守石头城的部队驻扎在夫子庙一带，因皆穿黑衣便有了乌衣巷地名，军士们使用的水井因此得名。该井虽干涸，但鸡笼似的白色井栏显得奇特而珍贵
东阳街双眼古井。据《宝华山志》：井为南朝梁代隆昌寺下院东林寺僧众所掘。井体椭圆，井栏为巨型栖霞石雕凿成双孔，故名。该井千年不竭，黑黄白相间，井栏半透明，观赏游人无不称奇.
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