慈禧太后一手建立的武卫军没能保得住满清，她自已也逃到西安，此时袁世凯做了直隶总督兼北洋大臣后，袁世凯第一件事情就是赶紧在保定修好行宫，然后立即派出他的新建陆军，一路把慈禧和光绪迎迎回保定，再大张旗鼓地送回北京城，慈禧一下子从丧家犬，落水狗摇身一变又成为紫禁城的主人，这个最大的惹祸者他的根本都没有列入战犯的名单，甚至还保留了她原来的所有权力，慈禧开始于是对洋人和袁世凯感激不尽。

而袁世凯为辛互条约量身订做定下了几条对策，
其一，针对义和团与官兵不分的特点，在军队中成立军政司，下设兵备，参谋，教练三处，兵备处负责将军队分为常备军，续备军和后备军，参谋处负责专管谋略，分派，指挥事宜，教练负责军事学堂的设立，培养军事人才。自此中国军队终于开始真正的进入现代化，一直延用至今。
其二，针对直隶不准驻兵，于是创立警务局，设立巡警，警察与士兵的职务从此分开，
其三，针对官员，设立官吏考验处，这实际就是检察院的前身，
其四，开设官银号，这就是中央银行的前身
其五，针对五年内不许科举考试，设立山东大学堂，这其实就是山东大学的前身，
其六，命詹天佑修京张铁路，这是中国第一条自筹备资金，自行设计建设的铁路。
这六条措施，把直隶带入了二十世纪的现代化之中，措施一出举国振惊，袁世凯摇身一变，从一个武夫变成一个洋务实务家。康有为梁启超政变的内容几乎全部被袁世凯实现，连张之洞也连连叹服。

可是袁世凯还没达到狂妄自大的地步，东南的张之洞为首的老臣，满清战败的赔款，都告诉袁世凯需要大清国这个招牌来作档箭牌。况且，要使用这个档箭牌其实很简单。

荣禄死后，与李鸿章一同签订辛丑条约的庆亲王奕劻，却因祸得福，被慈禧任命为替代了荣禄担任首席军机大臣，这是继和坤以后的清朝大贪官，当时，社会上把它的庆王府叫“庆记公司”，他什么钱都敢要；只要收到钱，什么事儿都敢干，但在慈禧看来，奕劻虽然名声不好，奕劻虽然自己贪钱，也给慈禧送钱，袁世凯要别的不好说，要钱是非常容易的，当袁世凯把一笔非常大的银票送到庆王府上，奕劻收过不少的钱，可这么大宗数目的袁世凯还是第一个，奕劻对袁刮目相看，庆亲王奕劻要的是钱，袁世凯要的是权，于是奕劻有这份不用干活挂个名就能收钱的美差，自然全权都交给了袁世凯，两个人自取所需走到了一起。

袁世凯让他的老朋友徐世昌出头，以徐世昌为练兵处提调；刘永庆为军政司正使，袁嘉谷为副使；段祺瑞为军令司正使，冯国璋为副使；王士珍为军学司正使，陆建章为副使。控制练兵处的主要机构，自忆则需退居幕后，为了缓和气氛，便奏请荣禄的幕僚旗人铁良为练兵处襄办作为门面装点。

有了军机处，扩大新军筹建国家常备军成了清延上下的共识，按照袁世凯的远大规划，清延必须在全国建立三十六镇的常备军，他知道在控制军队方面，除南洋老人张之洞，清延再无人可与他匹敌，但张之洞年事已老，这个远大计划的实施者完全落到了袁世凯的身上，此时袁世凯手头的新建陆军成了建设常备军的希望。

首先他将武卫军称号废除，其次以直隶总督的名义在直隶境内招收了六千名新兵，作为直隶常备军，继而继续增编将直隶的常备军整编成为左右两镇，然后让所有的军官都进行考试，考试结果，王士珍，冯国璋两人名列前茅，自然分别任为两镇协统，为了平衡三人的权利，于是在考试之前特意放水给不长于考试的段祺瑞，段祺瑞感恩不尽，于是赶紧往河南，山东，安徽利用关系拼命招兵，北洋三镇自此编成驻扎在保定。
　　其次再从新建陆军中抽调部分主力和他在山东收编的武卫右军先锋队全部整编成为北洋四镇，仍驻天津马厂和小站，最后再将他的新建陆军与刘坤一手头上的江南自强军正式吞并，编为北洋第五镇，此时袁世凯是军机处的主要大臣，张之洞可惜他一手创立的自强军落入北洋军手里，可也有苦难言，没有办法。
　　北洋五镇练成，全部是以汉人基础，袁世凯为给自已留了条后路，便奏请从驻京的旗兵中选择了三千人，组成了京旗常备军，由满族贵族后代良弼和铁良直接统领。成为北洋第一镇，自此袁世凯的新建陆军在不断扩编下终于形成了北洋六镇，除第一镇之外，全部都是袁世凯的家底。
　　北洋六镇练成，袁世凯开始在在清延前检阅军队效果，于是从北洋六镇中抽调出两万精兵，以王英楷，段祺瑞分为两军，开始河间秋操，请各国领事参阅，这是中国史上第一次现代军事实战演习，各国记者纷纷到场，秋操的结果被公布到世界各大报纸上，西洋列强感叹这么短的时间内，这个拖着鞭子的国家居然能够训练出这么现代化的队伍，袁世凯声名远播中外。