武陵王与刘裕：东晋末期在反对桓玄篡位的举义中，司马遵作为各路义军的首领，与东路北府义军的盟主刘裕关系如何呢？司马遵比刘裕小十岁左右，也是一位豪杰，刘裕曾经支持桓玄篡位，希望使桓玄处于被天下反对的地位，表现了很高的心机。桓玄篡位后，益州刺史毛璩首先举义攻打桓玄，当时是彭城内史的刘裕也暗中接受了何无忌的游说，同意和组织反对桓玄，何无忌很早就劝刘裕讨伐桓玄，当时桓玄还没有篡位，是否是司马遵让何无忌游说刘裕的，史书没有记载，但是从司马遵非常重用何无忌看，这两个反对桓玄最积极的人必然很早就有联系了。司马遵统领的原司马道子的旧部与北府义军在东部收复了建康后，司马遵承制为侍中、大将军统领各路义军，他没有让北府军的盟主刘裕统领部队攻打桓玄，把刘裕和刘毅都提升为刺史，而是派刘毅统领部队攻打桓玄，可见司马遵当时对曾经支持桓玄篡位的刘裕还是有怀疑，不愿意让他直接掌握兵权。让他与司马休之分别都督东西军事，刘裕都督东部八州军事，在没有战事、没有部队的东部居守。而让司马休之前往西部战区指挥。当时扬州刺史王謐逃亡，刘裕给司马遵写信求情，司马遵把王雅抓到后依然让他担任扬州刺史。前线失利时依然不启用刘裕，使刘裕开始有猜忌，而为了安抚他，司马遵又让他为青、徐州二州刺史。晋安帝反正后，义熙元年加封司马德文为大司马、司马遵为太保、刘裕为车骑将军，让刘裕都督中外诸军事，此时刘裕已经看出司马遵对他猜忌，也知道授都督中外诸军事虚衔是试探他，当时北府军中比他资历高的，以及其他各派将领都不听命于他，接受了只能遭到他们共同反对，见司马遵没有让他直接指挥军队，而给他加虚衔，也立即表示固让，刘裕在这时表现了很高的谋略，他不接受虚衔，也不接受录尚书事，竭力表现谦虚、恭敬和忠诚，以打消司马遵对他的怀疑。直到司马遵只给他加都督七州军事，并前都督十六州军事时，他接受并解青州刺史，改领兖州刺史。义熙二年他上书为将领们求封，招揽人心，司马遵试探让朝廷任命他侍中、车骑将军、开府仪同三司，他再次表示辞让。义熙三年甚至假意前往廷尉待罪，不接受任命。刘裕的这些所作所为逐步“感动”了司马遵，赢得了他的信任，也在朝廷中赢得了名声。在平定桓玄的过程中，司马遵逐步对军队进行整顿，开始重用大批北府军将领都担任了刺史，其中何无忌任江州刺史，刘毅为豫州刺史，刘道规为荆州刺史，诸葛长民为青州刺史。而刘裕虽然被授予都督十六州军事，而实际上，司马遵把各州实际都督军权都赋予各州刺史，并让刘裕的弟弟刘道规都督六州军事，扬州各郡也分别由何无忌、刘毅等都督，刘裕实际上依然只是镇军将军，徐兖二州刺史;，可见司马遵依然防范着刘裕。如果毛璩不遇害，职位会在刘裕之上，官军与叛军在巴郡、垫江、巴西一线对峙，司马遵先后派司马荣期等征蜀，未果。义熙三年刘裕上表请派刘敬宣伐蜀，司马遵同意。义熙四年正月，朝廷征刘裕入朝辅政，刘裕正式接受了侍中、车骑将军，开府仪同三司、扬州刺史，录尚书事、徐兖二州刺史。与他去年初宁可到廷尉待罪也不接受车骑将军、开府仪同三司，只担任镇军将军、徐兖二州刺史不同，朝议最初要以谢混领扬州刺史和由孟昶辅政，结果改变了朝议，刘裕接受原任命，还增加了扬州刺史、录尚书事，成为与大司马、领司徒司马德文共同执政的辅政大臣，仅仅解除兖州刺史，形势为何发生如此戏剧性的变化，原因是武陵王司马遵当时因病不再执政，刘裕执政十余天后病逝，这个宗室里最有才能的人是最让刘裕忌惮的，此前刘裕也竭力表现忠诚和谦虚，以获得司马遵的信任。司马遵当时在朝中起主导作用，他与何无忌、毛氏、司马休之等关系密切，北府将领被他任用的也多数是忠于朝廷和有才能的，直到司马遵去世时，晋朝的国防力量已经逐步统一，战斗力也提高很多。刘裕被征入朝廷辅政，司马遵起了什么作用，是无力干预，还是被刘裕迷惑支持他辅政，不得而知，但是结果是明显的，尽管司马遵也很有才能，但还是政治经验不足，没能阻止刘裕执政，这是晋朝复兴后未能长久发展的重要原因。刘裕执政后，没能有力支援刘敬宣伐蜀，尽管他因此次失败被降为中军将军，但是他已经可以能亲自掌握军权。五年三月刘裕正式开始调集各州的主力部队，统帅军队攻打南燕，这是他在京口举义后，首次指挥作战，攻灭南燕是他逐步扩充自己的势力的开始，而朝廷中也正式形成刘裕集团。