慈恩寺寺院坐西朝东，院内建筑分三路，占地约12600平方米，正面有山门三楹，小式硬山造，灰瓦顶。跨过山门，南侧为钟楼，北侧为鼓楼，均为歇山九脊灰瓦，楼亭为二层围廊，下为方形基座。往西则寺分三路。中路最前为天王殿，面阔三间，小式硬山造，灰瓦顶，朱红地仗，檀枋彩画，殿前檐下左侧置木鱼，右侧置云版，殿内有四大天王和弥勒菩萨、韦驮护法菩萨塑像，殿面北两侧有卷棚式门楼。向西依次为大雄宝殿、比丘坛、藏经。大雄宝殿面阔五间，进深三间，庑殿顶，前后廊，檀枋彩画，建在高台之上。 殿内前面正中供奉南无本师释迦摩尼佛、南无药师佛、南无阿弥陀佛，药师佛左手处供奉南无观世音菩萨、南无地藏王菩萨；阿弥陀佛右手处供奉南无文殊菩萨、南无普贤菩萨。正殿两侧供奉各尊者像，殿内高悬幡幢，法相庄严。观世音菩萨、地藏王菩萨、文殊菩萨、普贤菩萨是与我娑婆世界大有因缘的4大菩萨，均在大雄宝殿供奉。大雄宝殿后供奉南海观世音菩萨，菩萨法相为滴水观音造像，观音菩萨救助众生的主要象征手段是用水。滴水观音，手执一物，正以甘露清凉净，洒向求助他的世人。因为水是清净的，能洗涤一切污秽。美丽的观音手执杨柳枝，把净瓶中的甘露洒向人间，护佑天下人人幸福，生活安定。净瓶中的甘露不停的滴洒，就是要润泽万物，普渡众生，使万物复生、枯木逢春。有诗说：“瓶中甘露常遍洒，手里杨枝不计秋。千处祈求千处应，苦海常作渡人舟。”比丘坛，单檐歇山前廊，灰瓦顶，面阔三间，进深三间，正脊上装有“法轮常转，国泰民安”文字砖，两端有鸱吻，垂脊上有走兽。比丘坛前奉开心菩提大水晶，水晶石前有放生池。最后为藏经楼，两层硬山前廊式，面阔七间，楼下为客厅、禅房，楼上存经卷，原藏有明正统五年（1440年）木版藏经1600卷，弥足珍贵。 大雄宝殿北有伽蓝殿，供奉手捧春秋像的关圣帝菩萨，关圣帝君左手边奉道家财帛星君财神。 寺院南路自东而西有退客寮、厨房、司房、齐堂、禅堂、法师寮、佛学院等；北路建筑有养静寮、客堂、念佛堂、方丈室、十方堂、库房等。全寺共有房屋135间，建筑面积达2995平方米。