吴兆基弘扬文人琴，有别于早期流行宫廷的乐府琴和后期流俗于酒肆茶楼的演艺琴，其琴风清淡朴拙，别具文人气质和山林之风。他抚琴时，琴容端庄，手势简静，干净利落；取音洁静清越，无重浊煞音；吟猱含藏不露，含蓄自然，有“山林琴风”之称。

　吴兆基善长演奏《渔歌》、《搔首问天》、《鸥鹭忘机》、《石上流泉》等琴曲。《中国音乐大全古琴卷》卷七中，收录了他《搔首问天》、《忆故人》、《渔歌》三曲。另外，他还有专辑《吴门琴韵》流传于世，收琴曲十五首，包括：《胡笳十八拍》、《鸥鹭忘机》、《平沙落雁》、《秋塞吟》、《阳春》、《忆故人》、《渔歌》、《白雪》、《良宵引》、《梅花三弄》、《普安咒》、《石上流泉》、《潇湘水云》、《阳关三叠》、《渔樵问答》。
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  吴师之琴，最初是1996年左右，购买的一张古琴曲开始，当时花了75元钱购买，1996年时候的75元，换做现在800元/张。
  当初听不懂，束之高阁；过了十年，听了听，还是听不懂，又束之高阁；再过十年，听了听，能听懂些，但也不经常听；直到如今，仿佛自己不自然和吴师接近了，常听之，最喜欢是《平沙落雁》。这已经过去了整整25年，而吴师逝世也就在1997年。