海草房的历史可以追溯到新石器时代，不过那时的房屋还不能算是真正意义上的民居。秦汉以后，海草房的形制逐渐形成并得到广泛的流传。明清时期，海防得到巩固，当地的居民也进一步增多，海草房也随之得到了繁荣发展。到了二十世纪七八十年代，随着新的居住形式、生活观念的传入，海草房的建筑材料逐渐发生了一些变化，这也逐渐改变了海草房原初的景观。