周处除三害的故事发生在古代，横行乡里的周处与山中猛虎和水中蛟龙被合称为“三害”，后周处幡然醒悟，除掉其它两害，自己也改恶向善，于是“三害”尽除。

影片借鉴了故事的涵义，以当年台湾发生的真实事件为原型，讲述一个被通缉的杀人犯，寻找并亲手除掉另外两个通缉犯，自己最后投案自首。故事的大致脉络相同，但真实含义却有很大差别。主角是在知道自己时日无多的情况下，做出的决策和行动，而非缘于改恶向善之本心。他是为了扬名，“三害”中被记住的只有周处，他要做周处，不希望被别人的名声压住，即使是恶名。

恶人铲除恶人，甚至同归于尽，这是所谓“正义”人士希望看到的局面。恶人对于普通人来说，总是显得凶神恶煞一样，普通人无能为力。即使作为国家执法机关的人，本质上也不过是普通人，面对恶人也会害怕，也会退缩，这让恶人的气焰愈益高涨。因此普通人看到恶人与恶人相斗，心中自有快意，无论谁输谁赢，普通人都会觉得高兴。这就是人性。

恶人也会做好事。恶人做坏事不难，难的是一辈子一直做坏事。人是很复杂的，做事情往往不是以善恶为出发点，所以不会一直做恶事，或一直做好事。好人做一件坏事可能就被认定为坏人，坏人做一件好事是否应该被认为是好人呢？好事坏事，还看是由谁来认定。对于一些人是坏事，对于另外一些人可能是好事。什么事情都是相对的，没有绝对的好与坏。这一点从片中排第一的通缉犯，竟然成为“大师”，且蛊惑了一群视死如归的信徒，可见一斑。为了向善，却堕入魔道，讽刺莫过于此。

本片由许多值得思考之处，尤其对社会观念的冲击比较大。