南京是六朝古都，历史文化积淀深厚，各种博物馆众多，南京市博物馆是专注于介绍南京市历史的博物馆。博物馆位于朝天宫内，与朝天宫融为一体，相得益彰。

朝天宫是江南地区建筑等级最高，面积最大，保存最完整的古建筑群，背靠冶山，面向运渎。朝天宫的历史可上溯到春秋时期，相传吴王夫差曾在此设冶铸剑，故称冶山，因冶炼而聚集了一定规模的人口，形成冶城。东晋时丞相王导将这里建成私家园林，因嫌弃冶炼产生的噪音，将冶炼作坊迁往他处。南朝时在这里设立学术研究机构“总明观”，唐至元为道观，多有名人游历，明洪武时改为现名“朝天宫”，康熙、乾隆南巡时都曾到此处。清末，曾改做孔庙，所以现在的建筑主体是按照孔庙的形制，泮池，棂星门，大成门，大成殿，崇圣殿，敬一亭等。当时的江宁府学就在这里开办，形成了如今中为孔庙，东为府学，西为卞公祠的格局。

南京市博物馆的展览主要分三大部分：古代，六朝，现代。古代部分并没有特别出色的内容，因为没有挖掘出有重大影响的遗址。六朝时期是南京的鼎盛时期，所以内容最丰富，孙吴，东晋，宋齐梁陈，虽然都不是大一统的王朝，偏安一隅，但带来的文化滋养仍很丰富，作为南京市标志的麒麟就在这里。现代南京曾是中华民国的首都，虽然时间不是很长，但中国的近代史与南京紧密相连，不可分割。

南京市博物馆有不少藏品，但真正为人熟知的是元青花萧何月下追韩信梅瓶，是元青花中的极品，据说全世界已知的只有三只，国内仅此一只。可惜当前并未展出，甚为遗憾。