2003年上海衡源队主要是以闸北区培养的球员为主，大部分球员都是83年以后出生，从中远引进了张辉、从五牛引进了丛玺，队中年纪最小的季俊则是刚从精文足校毕业的毛头小子，队中葛富强、葛富永双胞胎兄弟在青少年时是与孙祥、孙吉兄弟齐名的，只是他们后来发展轨迹不同，结局也完全不同。值得一提的是当年守门员韩昆现在是江苏舜天的主力门将。在当时那批球员中，能让现在球迷记忆的也只有季俊、张辉、丛玺、潘晨亮等极少数球员，当年也有不少来自沪昌的江西球员前往上海试训，但无一选中。当时的主教练是赵凯，助理教练史光伦。那一年的乙级联赛上海衡源与武汉雅琪、广州日之泉、广东名峰、上海天娜同在D区（华中区），由于实力原因，未能从小组出线。

    2004年球队落户南昌后，买下了解放军青年队，并从其他俱乐部引进了不少球员，名单为：王辉（中远）、翟国宾（兰格）、鲁强（天娜）、胡俊（武汉）、陈懋（中远）、黄伟（申花青年）、刘志强（广州）、王博（湖北青年）、吕熙（武汉）、李森（泰达青年）。同时对解放军青年队进行了筛选，将赵晏平、肖博捷、尹忱、高杰、张涵、鲁峰、程晓鹏、邹海、臧绍鹏留在了一线队，丛霖（后转会国力）、石虎、岳洋（后转会建业）、王鑫、陈紫欣（现在华东交大）、张超（后转会辽宁）、曹晨（后转会辽宁）、李荣、田文博、张璐、黄顺、姜涛（后转会青岛）等其他球员列入二线队，原上海衡源只保留了季俊、张辉等五名球员。李晓出任主教练，赵凯改任助理教练，王辉兼任守门员教练，聘请上海足坛名宿包嬴福、刘思义出任顾问，包老在担任顾问期间尽心尽责，每次训练她总是坐在最高处用比记录每一位球员的表现，比赛时更是精心做好技术统计，赛后找出球队的不足之处，可以说他给李晓帮助非常大。同时聘任江西籍教练金丽嗬担任二线队主教练，二线队参加了当年了U——19联赛，也是这么多年来俱乐部第一次派对参加青年联赛，值得一提的是当时参加U——19联赛时借调了李震、王东等3名江西本土球员代表二线队参赛，可惜二线队在10月份解散后就再也未组建。那一年八一衡源获得南区第三，在与北京宏登的淘汰赛中净胜球少而出局。

    2004年底，球队对教练班子进行了调整，赵凯和金丽鹤离开了球队，在总经理魏荣斌的支持下，俱乐部在华东交大建立了梯队训练营，召集了南昌、九江、景德镇等全省各地一些优秀青少年球员，想依托训练营重新建立本土化二线队伍和足球学校，但这一举动刚开始就遭到老板和主教练李晓的反对，由于缺乏支持，这一计划死腹胎中。

    2005年，球队为了中甲花了30万从武汉队引进缪佳，10万元引进张县，从九巨龙引进了顾中庆、纪宪俊和戴正根，在陕西国力解散后引进了韩德明，当时所花费的资金可算是中乙的最大手笔。随着一些有实力球员的引进，球队在中乙算是比较突出的。同时，对教练组进行了调整，原九巨龙主教练刘启璞和中远、碧云良千球员沈鸣出任助理教练。在整个南区的比赛中，球队一直保持着前三名，但在9月3日客场与安徽老明光的一场关键比赛中，以1：6从未出现过的大比分败北，不仅引发李晓帅位危机，还险些让球队无法出线，好在最后两场比赛连克中纺机和武汉雅琪，才确保球队以第三名进入总决赛。

    为了确保球队能冲甲成功，在南区比赛结束后，俱乐部邀请了周穗安前来球队指导，周穗安也给球队作了一份参加总决赛前的训练计划，这份训练计划也使得球队在总决赛的比赛中有了很好的竞技状态。最后球队也不负众望，在加时赛中依靠张辉、缪佳、韩德明等球员的出色发挥下，成功逆转东莞南城，冲甲成功，并在最后的决赛中战胜了北京宏登获得中乙冠军。李晓也获得了当年中乙最佳教练，达到了他执教生涯的巅峰。

    在2005年，球队的8名来自解放军青年队的年轻球员代表了江西参加全运会足球预赛，结束了江西22年为参加全运会足球比赛的历史。由于8名球员与江西本土球员根本没有在一起磨合过，与其他球队多年的长期集训相比，已经是有了差距，在困难面前他们8个人表现都非常出色，要不是在最后与河北的点球大战中肖博捷一脚踢飞，江西全运会将会创历史的进入决赛阶段。在同年，王博也代表湖北队获得全运会第四名。

    2006年球队获得参加中甲联赛后，李晓改任总经理，让之前在幕后帮助过球队的周穗安出任主教练，善于调教年轻球员的周穗安执教也一度让球队的未来充满希望，遗憾的是由于在引进内外援及处理队中事务时，遭到李晓的干预，周穗安以合同原因拒绝签约，从此告别球队。李晓通过录像带就选定了肖恩和伦巴，也确定了多名内援的引进。朱波随后出任主教练，运气不佳的朱波在五连败后（含一场足协杯）交出帅印，李晓重返球队出任主教练，并在他执教第一场中甲比赛前，紧急引进巴西外援迪亚斯。在保级危急时刻，球队向前红塔球星常辉发出了邀请，可是常辉在南昌训练了几个过还是没有通过体能测试，也离开了球队。那一年中甲联赛由于湖南湘军的“自杀”，球队艰难保级成功。