1988年，我国《宪法》和《土地管理法》做出修订，明确：“土地使用权可以依照法律的规定转让”，自此确立了我国国有土地使用权有偿出让制度。土地使用权出让金征收与使用管理经历了以下四个阶段：

（一）中央与地方财政分享阶段（1988-1993）

这一阶段，土地出让金收入由中央财政与地方财政分享。为鼓励地方积极性，中央财政分享的土地出让金比例逐步减少，从1989年5月的40%，逐步下降到1989年9月的32%，最后降低到5%。但实际执行中，各地为了规避中央分成，纷纷采用实物地租、肢解地价等方式，中央实际难以取得分成土地收益。据统计，截止1993年财税体制改革前，中央实际收到的土地收益只占应交部分的9%。在土地使用权出让金的管理和使用上，明确中央财政和地方财政分享的土地使用权出让金，分别纳入中央和地方财政预算，收入管理工作由财政部门负责，收入全部缴入国库，分别作为中央和地方财政预算固定收入，主要用于城市土地开发建设，建立城市土地开发建设基金，专款专用。

1、1989年5月，国务院下发《关于加强国有土地使用权有偿使用收入管理的通知》（国发〔1989〕38号），明确：土地出让收入必须上交财政，其中40%上缴中央财政，60%留归地方财政。关于资金用途，该文明确规定都主要用于城市建设和土地开发，专款专用，具体实施办法由财政部会同有关部门研究制订。1989年9月，财政部下发《国有土地使用权有偿出让收入管理暂行办法》，明确国有土地使用权有偿出让收入由财政部门征收，取得财政收入的城市财政部门先留20%作为城市土地开发建设费用，其余部分40%上交中央财政，60%留归取得收入的城市财政部门。国有土地使用权有偿出让收入与城市土地开发建设费用实行收支两条线管理，收入全部上交财政，出让土地使用权所需的开发建设费用由地方财政核拨。土地使用权出让收入及其支出分别纳入中央和地方财政预算，主要用于城市土地开发建设，要建立城市土地开发建设基金，专款专用。

2、1990年5月，国务院颁布《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》（国务院令第55号），《条例》第50条规定：依照本条例收取的土地使用权出让金列入财政预算，作为专项基金管理，主要用于城市建设和土地开发。具体使用管理办法，由财政部另行制定。

3、1990年，财政部下发《关于国有土地使用权有偿出让收入上交中央部分有关问题的通知》（〔90〕财综字第111号），规定地方上交中央土地使用权有偿出让收入后，根据不同地区收入上交情况分批返还：其中，沿海港口城市的经济技术开发区的返还比例为95%－99%，深圳市、珠海市、汕头市和海南经济特区的返还比例为85%－90%，其他一般城市采取由地方逐项申报具体开发项目所需费用，由中央财政逐笔核定拨付。

4、1992年，财政部发布的《关于国有土地使用权有偿使用收入征收管理的暂行办法》和《关于国有土地使用权有偿使用收入若干财政问题的暂行规定》，调整了中央财政和地方财政土地有偿出让收入分享比例，规定：土地使用权有偿使用收入归中央政府和地方政府所有（5%上交中央财政），由财政部门统一负责征收管理，土地管理部门负责代收代缴。有关土地出让金征收管理、财务管理等具体办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市财政部门自行制定。

上缴地方财政的国有土地使用权有偿使用收入，作为地方的预算固定收入，上缴中央财政的国有土地使用权有偿使用收入，作为中央财政的预算固定收入，均专项用于城市建设和土地开发。

5、1993年10月，国务院下发《关于进一步加强国有土地使用权有偿出让收入征收管理工作的通知》，明确：国有土地使用权有偿出让收入必须按现行财政体制纳入各级财政预算管理，其收入管理工作由财政部门负责，收入全部缴入国库。国家征收的国有土地使用权有偿出让收入应主要用于城市建设和土地开发，专款专用。

（二）全部属于地方财政收入阶段（1994-1998年底）

1993年底，国务院决定从1994年起实行分税制财政体制，明确国有土地有偿使用收入全部列入地方固定收入。土地出让金使用上，除原有的用于城市建设和土地开发外，扩展到允许用于安置破产企业职工。

1、 1993年12月15日，国务院下发《关于实行分税制财政体制的决定》（国发〔1993〕85号），取消了中央财政和地方财政分享国有土地使用权有偿出让收入的规定，明确自1994年起，国有土地有偿使用收入（包括土地出让金）列入地方固定收入，中央不再参与土地收益分成。

2、1995年1月1日实施的《城市房地产管理法》第18条规定，土地出让金全部上缴财政，列入预算，用于城市基础设施建设和土地开发。土地使用权出让金上缴和使用的具体办法由国务院规定。

3、1997年3月，国务院下发《关于在若干城市试行国有企业兼并破产和职工再就业有关问题的补充通知》，明确安置破产企业职工的费用，从破产企业依法取得的土地使用权转让所得中拨付。

（三）区分新增和原有建设用地，对土地出让收入实行不同管理阶段（1999年1月至今）

为切实保护耕地，严格控制农用地转为建设用地，鼓励地方盘活存量建设用地，1998年颁布的新《土地管理法》规定：对于新增建设用地，市、县政府取得的土地收益30%上缴中央，专项用于耕地开发，并明确从1999年1月1日起施行。2004年国务院规定将不低于土地出让平均纯收益的15%专项用于农业土地开发，其中可将不超过30%的资金集中到省、自治区、直辖市及计划单列市使用。在土地出让金使用上，明确市、县财政取得的土地出让金主要用于城市基础设施建设、土地开发、中低产田改造、耕地开发、农业土地开发、土地收购储备和支付应向中央财政和省级财政缴纳的新增建设用地有偿使用费；中央财政和省级财政取得的土地出让金收益主要用于耕地开发和土地整理。

1、1997年4月15日，《中共中央、国务院关于进一步加强土地管理切实保护耕地的通知》明确：“今后，原有建设用地的土地收益全部留给地方，专款用于城市基础设施建设和土地开发、中低产田改造；农地转为非农建设用地的土地收益全部上缴中央，原则用于耕地开发，具体办法国务院另行规定。国有土地使用权出让等有关土地收益全部纳入财政预算管理，各级人民政府及其财政审计部门要加强对土地收益的监督管理，防止资产流失。”

2、1999年1月实施的新《土地管理法》第55条规定：“自本法施行之日起，新增建设用地的土地有偿使用费，百分之三十上缴中央财政，百分之七十留给有关地方人民政府，都专项用于耕地开发。”

3、1999年8月，财政部、国土资源部印发《新增建设用地土地有偿使用费收缴使用管理办法》，明确新增建设用地土地有偿使用费30%上缴中央财政，70%上缴地方财政。上缴中央的部分作为中央财政基金预算收入，上缴地方财政的部分作为地方财政预算收入，均专项用于耕地开发，不得平衡财政预算，结余结转使用。上缴省级的部分也必须用于耕地开发和土地整理，不得挪作他用。

4、2001年4月，国务院下发《关于加强国有土地资产管理的通知》（国发[2001]15号），明确为增强政府对土地市场的调控能力，有条件的地方政府要对建设用地试行收购储备制度。市、县人民政府可划出部分土地收益用于收购土地，金融部门要依法提供信贷支持。

5、为切实保护耕地，加强粮食综合生产能力建设，抑制城市盲目扩张，促进城乡协调发展，2004年3月，国务院下发了《关于将部分土地出让金用于农业土地开发有关问题的通知》（国发[2004]8号），明确从2004年起，将不低于土地出让平均纯收益的15%专项用于土地整理复垦、宜农未利用地开发、基本农田建设以及改善农业生产条件的土地开发。用于农业土地开发的土地出让金纳入财政预算，实行专帐管理。各地可将不超过30%的资金集中到省、自治区、直辖市及计划单列市使用。资金使用管理具体办法由财政部会同国土资源部制订。2004年6月、7月，财政部、国土资源部联合印发了用于农业土地开发的土地出让金收入和使用管理办法，明确要按照规定比例从土地出让金中划缴用于农业土地开发的资金，实行专帐管理，专项用于土地整理和复垦、宜农未利用地的开发、基本农田建设以及改善农业生产条件的土地开发。

6、2004年10月，国务院下发《关于深化改革严格土地管理的决定》，明确土地补偿费和安置补助费达到法定上限，尚不足以使被征地农民保持原有生活水平的，当地人民政府可以用国有土地有偿使用收入予以补贴。要完善新增建设用地土地有偿使用费收缴管理办法，实行先缴后分，按规定标准就地全额缴入国库，不得减免。新增建设用地土地有偿使用费要严格按法定用途使用，由中央支配的部分，要向粮食主产区倾斜。探索建立国有土地收益基金，遏制片面追求土地收益的短期行为。

(四)收支全-额纳入预算,规范土地出让收支管理

2006年8月31日,国务院下发31号文件《关于加强土地调控有关问题的通知》，规定：“国有土地使用权出让总价款全额纳入地方预算，缴入地方国库，实行“收支两条线”管理。土地出让总价款必须首先按规定足额安排支付土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费、拆迁补偿费，补助被征地农民社会保障所需资金的不足，结余资金应逐步提高用于农业土地开发和农村基础设施建设的比重，以及用于廉租住房建设和完善国有土地使用功能的配套设施建设。”，据次此，国务院办公厅下发了100号文件，财政部、国土资源部下发了具体文件。