环孢素A作为一种选择性免疫抑制剂，对难治性肾小球疾病具有一定疗效，尤其适用于激素抵抗或因长期大剂量服用激素而产生明显副作用的病例。但环孢素A并非是治疗肾小球疾病的一线药物，临床上通常作为二线或三线药物应用。

由于环孢素A治疗后复发率高，多数患者在减药或停药后复发，因而有人推荐在选用环孢素A治疗特发性肾病综合征之前，宜先使用烃化剂治疗。环孢素A对激素抵抗型特发性肾病患者的疗效欠佳，但如与强的松联合应用则可提高疗效。对已发生肾功能不全、严重高血压或有明显肾间质小管损伤的病例，应用环孢素A治疗应慎重。有尚未控制的感染或恶性肿瘤病人则不宜使用环孢素A治疗。正在接受肾毒性药物治疗的病人或有高尿酸血症、高钾血症的病人，应用环孢素A治疗时应注意防治其副作用。