无症状性菌尿是否需要治疗，意见尚未完全统一。大多数学者认为下列情况需要治疗：

(1)膀胱输尿管逆流(VUR)存在时应给予治疗，因为VUR时的菌尿多数为肾盂肾炎，此时极易产生肾实质损害和疤痕。防止逆流性肾病最有效的方案是制止逆流和控制感染。

(2)孕妇无症状性菌尿的发病率为3%～7%，如不治疗，25%～40%可发展成症状性尿路感染。早产儿和体重不足婴儿无症状性菌尿也较多见，其中20%～40%可发生败血症。

(3)伴有结石和梗阻的无症状性菌尿应立即治疗，并去除结石或梗阻。

无症状性菌尿约半数为膀胱炎，半数为肾盂肾炎，一般主张用抗菌药物单次大剂量治疗。如复方新诺明2.5g，或呋喃口旦啶0.2g，或羟氨苄青霉素3g一次口服，以后复查中段尿细菌定量培养，如仍为真性菌尿，应作感染部位定位诊断。若为上尿路感染则宜采用小剂量长疗程治法。