明显的出血倾向、先天性孤立肾、后天性一侧肾功能严重不全、肾血肿、肿瘤、囊肿、脓肿或感染、肾积水、精神病患者或不配合操作者为肾活检的绝对禁忌症。高血压、尿毒症、动脉硬化、明显肥胖、高度水肿、严重贫血者为肾活检的相对禁忌症。肾活检对多囊性肾病、感染性肾病、肝肾综合征毫无帮助，这些疾病亦可列为相对禁忌症。