Y染色体是每个正常男人都具有的，并且只遗传给正常的男性。线粒体是每个人都有，但只有母亲的才能传给子女。常染色体上的DNA父母都有贡献。在分子人类学上，通常把X染色体归入常染色体范畴，因为它是男女都有份的。这三类染色体上的遗传标记（常被不严肃的称为基因）都是分子人类学的研究对象。我们通过Y染色体上的Marker追踪人群的父系来源，通过线粒体DNA研究母系，而常染色体则综合了父系母系的贡献率。决定人外表特征的基因集中在常染色体上，因而体质人类学与常染色体遗传关系更密切。
   我不止一次被人问到我国南北方人的差距是大还是小。这问题要分开来看。文波等人在Nature Genetics上的Genetic evidence supports demic diffusion of Han culture文章中认为南北方父系遗传相差不大，而赵桐茂、松本秀雄等人从Gm血型（这当然是常染色体基因）角度证明我国长江南北人群有明显差异。这些都是从不同材料得出的不同结论。文波的数据还表明我国南北方母系遗传即线粒体遗传结构差别较大，所以大还是不大，前面必须加上个修饰部分说明哪个方面。而且大还是不大、还要跟第三者比较而言。至于第三者是谁，一般说到北方人，网上默认的通常就是北方胡人系统，南方就是南方的越苗系统。常染色体遗传比如Gm血型，北方汉和北胡聚在一起，南汉与南越聚在一起，中间差别较大。简化为<(北胡 北汉) (南汉 南越)>，注意南北方汉族都是杂烩，北方汉族人越往南越接近南方汉族，南方也是如此。而Y染色体遗传就不一样，他是这样的{北胡    <(北汉 南汉) 南越>}。至于线粒体结构，我认为接近于常染色体遗传。
   一般来讲，常染色体遗传结构介乎Y染色体和线粒体之间，这很好理解，因为他是男女都有份的。假如C人群是由A人群和B人群融合而成，而C人群的Y染色体结构100％等同于A人群，线粒体结构100％等同于B人群。说得直白一点就是，A人群贡献了男性，B人群贡献了女性来形成C人群。请问C人群的常染色体遗传组成与AB人群有何关系？他是50％的A和B混合而成的吗？实际情况是，在(100％A&0％B，0％A&100％B)之间的任何值都是可能的。如果再复杂一点，可以在其中掺入与C既无共同Y染色体类型，也无共同线粒体类型的D成分。
   我们用配药的方式来解释这一现象。先从A人群中取一定数量男性，再从B人群中娶一定数量女性，交配形成第一代C人群，这样的新一代C人群肯定是A父B母，常染色体一半对一半。此后的C人群不停交换吸收B人群的女性，这样常染色体A的特征就会越来越稀释，C越来越接近B，同时还保持A父B母的状态。反过来，如果不停与A交换男性就会发生相反的现象。婚姻交换男性的母系社会在世界范围内任何时候都不多，这与经典马克思主义观点不同。
   如果此过程中加入D女，然后再让D女所生男留下，而女带走。这样不改变C人群B母的特征，并在人群中掺入D特征。这种情况在现实世界中一般不会严格发生，性染色体方面总会留下蛛丝马迹。但上面情况就多了，在中国就至少发生了两次，一次在北方，一次在南方。