比Taqman更经济的检测SNP方法：KASP

便宜而准确的基因SNP分型方法一直是遗传学家追求的手段。

LGC公司出品的KASP方法，可以用2个荧光探针、2个通用淬来探针，再加多个位点特异探针来检则多个SNP位点。

原理视频

优  点

1. 只要合成两个通用荧光探针，两个通用淬灭探针，再加合成多个针对具体位点的SNP PCR引物，就可以测许多位点

   
   

2. 因为荧光探针、和淬灭探针都很贵，KASP方法相比于Taqman方法，可以通过通用荧光探针来代替针对位点的荧光探针，大大节约成本
   

原理说明

第1步：

http://mmbiz.qpic.cn/mmbiz/2GnPlicf1VibXrNRxgxLj6wy38ickSM5wPB86tF6uGfhFNxud2Q5ecNZ5LU12ibur0tpSoJbMcmwx8VRpc9n96BgWA/0

http://mmbiz.qpic.cn/mmbiz/2GnPlicf1VibXrNRxgxLj6wy38ickSM5wPB7otnO0XAJibzZPqKl9w10nuE4y4JQs0JKBduhsFX8EylUpar66ia6KLw/0

• 设计2个SNP PCR引物，各对应于一个SNP的等位基因，如图:

• • Allele 1引物3'末端是C；allele 2引物3'末端是A标签序列

  • Allele 1引物5'末端是F序列；allel 2引物5'末端是H标签序列

  
  

• 设计荧光探针

• • F探针与Allele 1标签序列一致；H探针与Allele 2标签序列一致

  • F探针的5'端有一个FAM荧光基团；H探针的5'端有一个HEX荧光基团

  • 相应于F探针和H探针，各设计一个3'端带淬灭基团的淬灭探针

第2步：

http://mmbiz.qpic.cn/mmbiz/2GnPlicf1VibXrNRxgxLj6wy38ickSM5wPBdXLnm0yVqTtNGEFcZSojRN5e3Mkgd6DUWX4ibfwx6knz3vB2satXBGA/0

• 第一轮PCR，模板会与可互补的（3'末端能配对的）PCR引物进行退火，并发生扩增。

• 这步完成SNP识别

第3步：

http://mmbiz.qpic.cn/mmbiz/2GnPlicf1VibXrNRxgxLj6wy38ickSM5wPB913Pic8LDOowtYIbEzS2JibOnRWDSlvkLB8FEAV8XlYtqEN0qnNJiboXQ/0

• 第2轮PCR扩增，扩增出带有标签序列的PCR产物

• 这步完成把通用标签序列引入与SNP对应的PCR产物

第4步：

http://mmbiz.qpic.cn/mmbiz/2GnPlicf1VibXrNRxgxLj6wy38ickSM5wPB5g4g5csXXh2sksj7Ablia6HcMnSsibYhjoZQCrUMzX8UYNBP5HBbZMLQ/0

http://mmbiz.qpic.cn/mmbiz/2GnPlicf1VibXrNRxgxLj6wy38ickSM5wPBVTsXLgFtvicokYvV1PzdsV8s07u2jepwj4IqhrphbZK1MKOhicbdgVdg/0

• 经过接下来几轮的PCR扩增，一方面淬灭探针被切碎，另一方面荧光探针更多地退火到新合成的、没有淬灭基团的互补链上，发出荧光

• 通过检测荧光，检出SNP位点上是哪个碱基
  

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