功能医学（Functional Medicine）是自然医学中最重要的一环，是以病人的整体健康爲着眼点，而不是只集中个别器官出现的症状。功能医学认为人体五藏六腑及系统的运作是紧密关连的，因此在治疗中不只是单纯的进行病症的治疗。

传统的医学诊断如X光片、核磁共振、验血、验尿等只能显示身体患病后的病变，经常是标准的医学检验报告显示一切正常，但很多人却总觉得身体不适。而功能医学的诊断，把重点放在评估脏腑的功能水平上而不单停留在病变的层次上。在其功能下降但未出现实质性变化时，已经可以检查出来。

功能医学认为：由于基因、生存环境、饮食、活动、思想信念等方面的不同，每个人都成为一个独一无二的个体，不同的个体在生化运作上有着区别于他人的独特性。同一病症可能有不同的致病机理，反之亦然。对个别客户有效的治疗，并不代表它能医治一切有同类问题的客户。