斐迪南一世与妻子安娜有十五个孩子，其中两个在婴儿时期就逝去，剩下长大成人的十三个孩子里，有三个是儿子，十个是女儿。最大的长姐伊丽莎白与最末的约翰娜，年纪相差21岁。

从这一代开始，哈布斯堡家族内的联姻开始盛行。表兄妹、堂兄妹结婚是再正常不过，什么姐妹先后同嫁一人，舅舅跟外甥女结婚也屡见不鲜。我曾尝试画一张这代的系谱图，但是发现那些连线最后会变成一团乱麻。

长姐伊丽莎白十七岁时嫁了波兰国王齐格蒙特二世（Zygmunt II August），婚姻不仅不愉快，还在两年后莫名死去。有传闻说她是被波兰太后毒死的，却从没找到任何证据。

排行老二的是长子马克西米连，后来做了神圣罗马帝国皇帝，是为马克西米连二世。他娶的就是自己的堂妹，伯父查理五世的女儿，西班牙的玛丽亚（María de Austria）。他们后来又生了十六个孩子。

安娜嫁给巴伐利亚公爵阿尔布莱希五世（Albrecht V），生了七个孩子，五个长大成人。其中第四个孩子玛丽安，后来嫁给自己的舅舅，母亲安娜最小的弟弟，奥地利的卡尔。

二儿子斐迪南，奥地利大公兼蒂罗尔伯爵，娶了一个非贵族的女子菲丽萍。因为家族的不承认，两人只能秘密结婚。大约二十三年的婚姻后，菲丽萍病逝。由于他们的两个儿子没有继承权，斐迪南在53岁时再娶了妹妹埃莉诺与意大利曼托瓦公爵的女儿，自己的亲外甥女，双方年龄相差37岁。但是这次婚姻的产物只有三个女儿。

玛丽十五岁时嫁给一位德国公爵，生了七个孩子。其中一个女儿后来又嫁给二哥斐迪南的儿子。

玛德莲，成为了修女。

第七个孩子凯瑟琳，先是十七岁嫁给了意大利曼托瓦公爵，四个月后就成为寡妇；二十岁时再嫁给曾娶了长姐的波兰国王，齐格蒙特二世。凯瑟琳婚后很快怀孕，却在几个月后流产。齐格蒙特二世由此深信这段婚姻是不被上帝祝福的，于是试图与其离婚，不果。于是他转向寻找各个情妇，希冀得到继承人。此举使凯瑟琳大怒，愤而回到奥地利，直至死去。

埃莉诺比姐姐凯瑟琳小一岁，她嫁的是凯瑟琳第一任丈夫的弟弟，接任哥哥成为曼托瓦公爵的季约姆（Guglielmo Gonzaga）。他们的大女儿在阿姨芭芭拉死后嫁给了自己的姨夫，小女儿又嫁给了二舅舅斐迪南。

玛格丽特，修女。

芭芭拉，嫁给费拉拉公爵阿方索二世。芭芭拉死后，阿方索又娶了她的外甥女，埃莉诺与季约姆的大女儿。

三儿子卡尔，内奥地利大公，娶了二姐安娜的女儿。他们也有十五个后代。

海伦，修女。

幼女约翰娜，比长姐小21岁。她嫁给了托斯卡纳大公，美第奇家的弗朗切斯科一世（Francesco I de' Medici）。这是一桩政治婚姻，丈夫另有所爱，而佛罗伦萨人民也因为她的身份而讨厌她。她生了十三个孩子，最后死于难产。这使得弗朗切斯科可以迎娶长久以来的爱人，没过几年，这两人也被毒死了。

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接下来的马克西米连二世跟父亲斐迪南一世的统治风格差不多，都是中立和平的政策。除了跟叔父查理五世有些继承权的争执以外，马克西米连对新教也特别有好感，因为他幼时受到马丁·路德的学生沃尔夫冈·席弗尔（Wolfgang Schiefer）的教育。

随着父亲与叔父的老去，选择继承人的问题日渐重要起来。马克西米连对新教的同情和紧密联系使他越来越不被信任，甚至连教皇都放话说如果让他当继承人将不会承认他父亲的皇帝地位。这引起了哈布斯堡家族内部的矛盾。家族对马克西米连的压力越来越大，而与此同时，新教派诸侯却没有向马克西米连发出支援的信号。他最终妥协，宣布自己信仰天主教。

1564年父亲斐迪南一世去世后，马克西米连加冕为神圣罗马帝国皇帝，同时上任波希米亚国王和匈牙利国王。从哈布斯堡家族他只继承了上奥地利、下奥地利、波希米亚和匈牙利西部（Restungarn），其他领地分给了他的兄弟卡尔二世大公和斐迪南二世大公。

马克西米连的妻子是他的亲表妹，叔父查理五世的女儿，西班牙的玛丽亚。他们总共生了十六个孩子，长到18岁以上的只有一半。

作为现代人，我们都知道近亲婚配的子女更容易患隐性遗传疾病。然而现代遗传学的奠基是在十九世纪，那之前的人们根本没有近亲不能结婚这个概念。况且他们认为贵族的血统格外高贵，必须保持其高度纯正，因此近亲婚配才是王道。

虽说近亲婚配危害大，可是人类这几千年来，这是一种强大的传统。古今中外，从皇族到平民，同一家族间结亲的比比皆是，人类却也并没有因此灭绝。2008年，有欧洲科学家的研究结果表明，近亲结婚可能真的有其优势——他们能生育更多的孩子。

似乎，近亲结婚的坏处跟好处都在哈布斯堡家族身上完全体现了。奥地利这支算是幸运，虽然夭折率很高，但是多产，所以至今仍有后代；西班牙这支不太幸运，很明显的身体畸形，再加上精神病，一代比一代惨，最后终于绝嗣。

好了，话说回来，虽然马克西米连在政治上不能算强有力的一位君主，譬如他试图调和天主教与新教的矛盾，失败；试图参选波兰国王，失败；但至少在生孩子这一项上，他赢了！

他的大女儿，奥地利的安娜，嫁给自己的舅舅，母亲玛利亚的亲哥哥，西班牙国王腓力二世。他们的五个孩子只有一个长成人，就是后来的西班牙腓力三世。

鲁道夫二世，将来接替父亲成为神圣罗马帝国皇帝。一生都没有结婚，但有过多个情人，他与一个朝臣的女儿卡塔琳娜·施特拉达（Katharina Strada）育有多个非婚孩子。

奥地利的恩斯特大公，哈布斯堡王朝在荷兰的统治者。

奥地利的伊丽莎白，嫁给法国国王查理九世。他们只有一个女儿，没有男性继承人。查理九世于1574年去世，伊丽莎白两年后回到奥地利，女儿不久也离开人世，于是她在一家修道院附近终了一生。

马蒂亚斯，夺去哥哥鲁道夫的实权与王位，还将其囚禁在布拉格的城堡里，当上了神圣罗马帝国皇帝、匈牙利国王和波希米亚国王。

马克西米连三世，奥地利大公，条顿骑士团的领导人，普鲁士的统治者。

阿尔布雷希特七世，奥地利大公，娶了舅舅腓力二世与其前妻的女儿依莎贝拉。三哥恩斯特死后，成为哈布斯堡王朝在荷兰的统治者。

奥地利的玛格丽特，15岁时跟随母亲玛利亚回到西班牙，差点成为西班牙的腓力二世第五个妻子，后来当了修女。

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马克西米连二世与父亲斐迪南一世使用的帝国皇帝纹章相同。



马克西米连的二弟，斐迪南，奥地利大公兼蒂罗尔伯爵




马克西米连的大女儿，奥地利的安娜，成为西班牙腓力二世的王后。分别是丈夫与父亲的纹章组合。




马克西米连的女儿，奥地利的伊丽莎白，成为法国国王查理九世的王后。