埃及历史如此漫长和复杂，需要很长篇幅，才能做到“简述”。

埃及并入罗马帝国成为一个行省，亚历山大成为各种文化汇聚的地方。在法老时代结束之后，基督教逐渐传入埃及。耶稣和圣母玛利亚本人，曾经在埃及开罗躲避迫害。

公元45年，耶稣的十二使徒之一，《马可福音》的作者圣马可（St Mark， St Marco）将基督教首次传入埃及。在亚历山大，一个鞋匠为圣马可修鞋，不小心弄破了手，叫了一声“哦，上帝”，于是这个修鞋匠被认定为埃及昄依基督教的第一人。

但当时各种宗教并存，并且宗教之间的迫害严重。圣马可因为反对对埃及传统宗教之神塞拉皮斯(Serapis)的崇拜而付出了生命的代价。后来在公元828年圣马可的尸体被从亚历山大城偷回了威尼斯，并修建了圣马可大教堂，该教堂成为现在威尼斯最著名的景点之一。

随着罗马皇帝君士坦丁在公元4世纪接受基督教成为罗马帝国国教，基督教在埃及迅速普及，很难想象，当年的埃及曾经是一个纯正的基督教国家。历史上看，基督教是一个相当排他的宗教，对其他宗教和文化的迫害比较严重。这段时间，埃及的传统宗教被彻底取缔，异教神灵被禁止崇拜，亚历山大的基督徒掀翻了依旧辉煌的塞拉皮斯神庙里金灿灿的神像，并焚毁了该神庙的图书馆。法老时代的埃及文化从此被尘埃所掩盖。

埃及隶属于位于君士坦丁堡的拜占庭帝国，埃及的基督教与拜占庭帝国的东正教非常接近。公元451年，在教会会议上，埃及代表拒绝接受耶稣的人神二性论，而认为人神二性在耶稣身上是合二为一的。从此埃及国王被逐出教会，埃及的基督徒与世界上其他基督徒划分开来。因为后来的阿拉伯人误称埃及为“科普特”(Copt)，埃及的基督教被称为科普特教(Coptic)，有自己独立的教会和教皇。一直到今天，埃及的科普特教信徒约占埃及人口的10%。

到公元六世纪，伊斯兰教在阿拉伯半岛兴起，对外扩张的首要目标，就指向了埃及。阿拉伯将军阿慕尔.伊本.阿斯率阿拉伯大军在开罗的赫利奥波里斯打败拜占庭军队，并经过长时间围攻后，攻克了开罗的巴比伦城堡，随后占领了埃及全境。从此开始了埃及的伊斯兰化和阿拉伯化。

在埃及的伊斯兰教的宽容性相对却比基督教要好得多。埃及的伊斯兰统治者并没有强行取缔基督教，而只是加以经济手段，要求异教徒缴纳更多的赋税。所以科普特教历经千年，在埃及仍有相当数量的信徒。

在法老王朝之后的两千多年中的大部分时间里，埃及都是由外族人士来统治。其中包括十字军闻之丧胆的萨拉丁(1138-1193)，萨拉丁是库尔德人，父亲由格鲁吉亚迁至现在伊拉克北部，萨拉丁本人成为阿拉伯帝国哈里发的重臣。他在历史上是对抗十字军的传奇人物，是埃及和阿拉伯人的民族英雄，因为攻占了耶路撒冷而扭转了基督徒与穆斯林战争的根本形势，以其极为大度的骑士精神至今被人传颂。

萨拉丁本人是包括埃及和叙利亚在内的阿尤布王朝的开创者。在开罗修建了以他本人名字命名的萨拉丁城堡，成为以后埃及苏丹的统治中心，现在仍然是开罗城内显眼的著名景点。

接下来埃及的外族统治者轮到了马穆鲁克人，也写作马木留克。从几千年前的古埃及开始，埃及就已经出现了外族雇佣兵。阿尤布王朝的末任苏丹萨利赫则把雇佣兵发挥到极致，当时他被几乎所有人鄙视，为了保护权位，他从乌拉尔山到里海之间的地方购买了大批奴隶，到埃及后将其释放，成为忠实于自己的雇佣兵。马穆鲁克这个词本身，就是奴隶兵的意思。

马穆鲁克人英勇好战，不具备世袭传统，只忠于原来的统治者。统治者不断买进新的奴隶，从而使这一族群不断扩大，在埃及占有越来越重要的作用。终于有一天，喧宾夺主，马穆鲁克人取而代之，成为埃及的新主人，统治埃及近300年（1250-1571）。马穆鲁克统治期间，伊斯兰文化在埃及繁荣昌盛，修建了大批精美的清真寺。因为埃及成为欧洲通过威尼斯与东方贸易的要道，赚取了大量的贸易财富。同时马穆鲁克人抵挡住了进攻至叙利亚的蒙古铁骑，也算是为保护伊斯兰文明做出了贡献。

但随着内讧和苏丹的无能，马穆鲁克王朝走向衰落。另一方面，奥斯曼土耳其逐渐强大。终于，在1571年在叙利亚的阿勒颇，马穆鲁克骑兵完败给了土耳其骑兵。奥斯曼土耳其帝国成为了埃及的新主人。马穆鲁克虽然失去了鼎盛时期的权势，但仍然是埃及土地上具有强大影响力的部落。

埃及成为奥斯曼土耳其的一个行省，由帝国派遣总督进行管理。到18世纪末期，拿破仑想找英国的麻烦。因为英国在亚洲的殖民地不断扩张，而埃及是英国与其亚洲殖民地进行沟通的必经之地。拿破仑试图掌控埃及从而打击英国，于是出兵埃及，在埃及历史上留下极为浓重一笔。

1798年拿破仑远征军抵达埃及，马穆鲁克人组织了精锐的主力部队进行抵抗。最重要的一场战役发生在金字塔脚下，马穆鲁克的精锐骑兵对阵拿破仑的步枪兵和炮兵。结果战役变成了屠杀，骑兵面对先进的火器根本无能为力，马穆鲁克主力几乎全部丧失。拿破仑胜利开进开罗。

但是英国人不是那么容易对付，尤其是在海上。在地中海英国海军大胜法军，随后英军也在埃及登陆。拿破仑发现形势不妙，1801年和英国签署协议后原路撤出埃及。

拿破仑对埃及的统治时间虽然不长，但是他随军带来了大批的考古学家和其他学者，对埃及的文化和历史进行了研究，并有非常重要的发现和成果。法老时代的埃及在被历史的黄沙掩埋多年后，重新被挖掘出来，并引起了世界的关注。可以说，现在的埃及学(Egyptology)就是开端于拿破仑时代的研究。