第一个阶段：初创发展阶段，时间从1981年民航公安批准设立到20世纪90年代初。这一个时期，成立了民航总局公安局、地区管理局公安局、省局公安局（处）及其派出机构，初步建成了垂直领导的高效公安管理体制。这一段时期可以称作是民航公安的黄金阶段。

第二个阶段：破冰改革阶段，时间从20世纪90年代中期到2002年。这个时期由于民航总局着手开展体制改革，强化行政管理和市场监管职能，弱化取消国有资产管理职能和市场经营职能，主要标志有航空公司、机场、油料、航管等部门正式从民航各级行政管理部门剥离，民营和外资资本参与民航企业改制，地方机场公安机关的成立，这对民航公安的体制带来了相当大的冲击。此时民航公安如果把握好机会，完全可以借助“911”带来的冲击仿效民航行政管理部门三级管理机构的模式，正式确立总局公安局－－地区管理局公安局－－机场公安局的三级垂直管理模式，一揽子解决民航公安体制改革的问题和困难。遗憾的是，我们错过了这个绝佳机会，只是成立了一支新的空警队伍。

第三个阶段：乱象纷争阶段，时间从2002年起到现在，具体持续时间不明。这个时期以民航总局深化管理体制改革为前提，以国家司法体制改革为背景，标志是民航公安体制改革方案的出台和空警的成立。由于民航公安体制改革方案的骑墙特点，造成全国民航公安垂直管理体系的分崩离析，全国93个机场的民航机场公安机关确定要进行属地化改革，目前民航公安的管理体系模式大致分为这几类：1、小直管垂直体系，以首都机场集团控股的机场为代表，体系为民航总局公安局－－（地区管理局公安局）－－省机场公安局及外派机场分局派出所；2、伪垂直管理体系，以空警为代表，体系为民航总局公安局－－（空警支队）－－大队，名义上是垂直管理，实际上支大队一级被各航空公司直接管理；3、大块小垂直管理体系，以云南、湖南等为代表，体系为省公安厅－－机场（民航）公安局－－各机场分局；4、地方直接管理体系，机场分局直接成为市公安局的一个业务分局。这四种模式在今后一段时间内还将长期存在。