黑城最早是党项族建立的西夏国古都，党项语叫“亦即乃”，意思是黑水城，也称为黑城。
      额济纳则是“亦即乃”的变音。黑城的蒙语为“哈日浩特”。西夏时期在这里设置了“黑山威福军司”和“黑山镇燕军司”等军事机构。从公元1205年开始，成吉思汗先后数次派兵进攻河西。1226年2月，成吉思汗蒙古军第四次南征攻破黑城，1286年元世祖在此设“亦集乃路总管府”，这里成为中原到漠北的交通枢纽，马可波罗就是沿着这条古道进入东方。
      1372年，明朝征西将军冯胜攻破黑城后，随后放弃了这一地区，此后黑城便在尘封的历史里沉睡了的近700年。黑城最终荒芜下来，除战争因素外，主要还是由于生态恶化。

      我们看到的黑城完全处于沙漠的包围之中。城墙已残缺不全，西北角城基处，保存有高约10几米的一组佛塔群，城内的一些建筑和街道遗迹依稀可辨。城外西南角还保存有一座圆顶清真寺，能在一个遗址处看到两种宗教在一起共存，也算是一种和谐的象征了。
      传说中曾有一个驻守黑水城的将军名叫“哈日巴特尔”，在被攻城的敌军围困黑水城时，把无数的珍宝埋藏于城中的井里，后来这位将军及全体将士同敌军同归于尽。从而留下了“珍宝之谜”。据说近代西方“探险队”多次来遗址探宝，从这里掠夺了不少珍贵文物和典籍，至今散落在世界各地的博物馆里。
      1982年，内蒙文物考古研究所等组成联合考古队，正式发掘了黑城，发现了大量文书和其他文物，文书中有汉文、西夏文、蒙古文、藏文、古阿拉伯文等各种民族文字，总计编号有3000余号，现已将汉文文书中主要部分整理编成《黑城出土文书•汉文文书卷》，已公开出版发行。黑城也成为为全国重点文物保护单位。