嘉泰四年（1204年），净慈寺又毁，住持德辉禅师随火焚化，由郡守奏请赐金重建。时道济（即民间传说中的济公）依德辉为师，并为该寺书访，由他参与募化，再建寺院。，嘉定三年（1210），少林妙崧奉旨住持该寺十二年，他效永明大师，常上山坐禅修持，并曾重新整修，于嘉定十三年（1220年）重建，翰林程珌记文称该寺：湿红映地，飞翠侵霄，檐转鸾翎，阶排雁齿。星垂珠网，宝殿洞乎琉璃；日耀璇题，金椽耸乎玳瑁。   这次重建后的净慈寺，“寺故宏大，显于湖山”，可谓壮观之极。为此，妙崧于嘉定十四年（1221年）奉召入内廷说法，宋宁宗赐予紫衣并封号“佛行禅师”，下旨为妙崧建“泰宁庄”。嘉定年间，朝廷品第江南诸寺，净慈寺以“闳胜甲于湖山”列为禅宗五山之一。并以“南屏晚钟”称胜湖上。当时该寺中心五层主殿，两旁“配有偏殿，各类阁、堂、轩、楼等三十三座，寺僧达数千人。   宋理宗当政，对佛教十分信奉。嘉熙四年（1244年），荆湖总臣竟奏请朝廷下旨，着令僧道都要买紫衣和师号，有师号才能住持佛寺。时笑翁妙堪住持净慈寺，他上书反对说：如果这样，那么有千金的人都可“主法”，则“吾道殆矣”，平息了这场争论。淳祐九年（1249年），名僧无准师范住持净慈寺时，宋理宗曾于修政殿召对。无准师范奏对既详情，又明了，使宋理宗深为感动，赐予金襕衣；第二天又宣他在慈明殿垂帘问政，无准师范直言奏称：“法要示陈，参政贵谊，奏云简明直截。才有补圣治”。宋理宗十分赞赏，赐以金帛，并封号为“佛鉴大师”。翌年（1250年），宋理宗命净慈寺建千佛阁，并亲书“华严法界正遍知阁”八字。当时寺内庑壁由名师钟鼎、丁清溪绘有五十三参像，规模与灵隐寺相仿，“北有灵隐，南有净慈”由此而出。南宋后期，日僧纷纷入宋求法。日僧无关普门（日本“圣一国师”圆尔辩圆弟子）、寒山义尹、南浦诏明等先后来杭在净慈寺从断桥、义远、虚堂等禅师学法。这些日僧在杭长期修学，均得要旨，学有成就，回国后均成为日本禅宗巨匠。   元初，“江南释教总统”，杨琏真伽原奉蒙藏密宗（喇嘛教），对佛教禅宗不予过问。至元二十七年（1290年），净慈寺火焚后，都由各代住持募化重建。经古田德垕、愚及至慧、方山文宝等禅师悉心筹划，先后修建了蒙堂、两库司、观音殿、大殿、罗汉殿、法堂、最后重建山门，才恢复了旧观。 对于异族统治，净慈寺一批名僧，大多采取消极抵制。元初，晦机元熙，为净慈寺书记，其兄唐元龄原系南宋临江通判，随文天祥起兵抗元而战死。当时，杨链真伽曾邀晦机元熙同去阿育王寺取舍利，他就托辞探母避往江西。元代王室对净慈寺第六十代住持千濑善庆（人称“濑翁”）大加封赏，除授以金襕衣外，并封号“慧光普照文明通辨禅师”。而千濑毫不动容，置之度外。住持本源善达还和住寺名僧及庵法师等相约“誓不历职”，在当时佛门弟子中形成了很大影响。   济公殿在大雄宝殿西侧。元代后期，佛门风行参禅语录，大多名僧都以问法参佛时论述的言论编辑成语录，如平山有《四会法语录》大辨、石屋、高峰等都有以自己法号命名的《语录》，成为有别于历朝的一代佛门文风。另一方面，净慈寺在元代后期的寺规礼仪也有所废驰。据挂单僧恕中无愠所见：元泰定初（1324年），净慈寺寺规严肃，上堂僧人五百多人，不准围炉闲谈，不准检阅外书（指佛教经典以外书籍），不准外人随便出入；恕中在阅读《庄子》时曾受到严厉斥责。但二十年后（约于元至元年间）他再度到净慈寺时，但见“人员丛杂”、“寮舍围炉”、“抚琴奕棋”，却很少有寺僧研习功课。反映了元代汉地佛教的衰落现象。   明初，明太祖朱元璋竭力倡导佛教，整顿佛门，净慈寺等名刹高僧也都开始致力于重振佛门，净慈寺等名刹高僧也都开始致力于重振佛门宗风，杭州佛教再次兴盛。   复建后的济公殿是清代建筑风格，殿外的庭院则是宋代园林风格，整体和净慈寺保持统一。  洪武七年（1374年）朝廷决定举荐“耆硕名僧”住持江南名刹，先后命中竺无旨可授（号休庵）和德隐普仁住持净慈寺，他们都以净土法门为佛事，弘扬延寿、圆照“净土之业”。德隐在奉旨继净慈寺法席入院时讲法，日夜环听者达万人，都表叹服。洪武十一年（1378年）由同庵易简主净慈寺，他募化集资，聚铜二万余斤，葺殿治钟，栽竹植松，不数年寺宇为之一新。史称“两山阒寂之秋，独南屏成此宏伟”。为此，明太祖封其为僧录司左善世师，奉旨清理全国寺僧，征集高僧住金陵善世院。洪武二十五年（1392年）十二月寺毁，由祖芳道联募化重建，使殿宇堂室金碧交辉，深受赞赏。