明代洪武五年(1372年)，在乡人赵仲的带领下，祖庙正殿得到重建，从而成为祖庙最重要也是最早的建筑物。建筑采用宋代建筑法式，方正的殿堂，营选施用大量斗拱。斗拱如燕尾般向左右分开支撑、叠起，使屋檐大幅度向外延伸，保护下面的柱子免受南方雨水的浸蚀，形体固实厚重，外观雄伟稳健，成为我国现存古建筑中仅有的宋式斗拱实例。历经600多年，这组宋式斗拱依旧坚硬如故，它撑起的是一座凝聚着地域宗族信仰的建筑。

灵应牌坊上的明代“燕巢”斗拱，书写的是祖庙成为御赐官祠的地位巅峰。

 1449年，明朝正统十三年，南海人黄萧养发动起义。这个“相貌平平，一只眼睛似乎还是瞎的年轻人”，因为“盗嫌”入狱被判死罪，不想坐以待毙的他，联合19名囚犯逃狱流落海上，沿途招兵买马。黄萧养的队伍最多时有10万人，“拜佛(山)劏羊(城)”就是那时发起的。起义大军一边围攻广州，一边把进攻矛头对准有钱、有铁、又有“战略要地”之称的佛山堡，近千艘船只在汾江布阵，摆出志在必得的架势。

在面临生死存亡的危险关头，以佛山乡绅梁广为首的22位望族，组成临时自救力量，他们跪求北帝庇佑，动员乡亲父老，仅一天就准备好器械、食物，并在周围十多里地挖好壕沟，竖起铁栅栏。交战时，前方勇敢抗击，而栅栏内民众办起秋色，造出一片歌舞升平的景象，用上“兵不厌诈”之计，最终击退义军。    

他们将抗击胜利的功绩归于北帝。于是，交战时，北帝显灵，成群飞鸟从栅栏里飞出来，在起义军的战船上盘旋；一群群蚊子从北帝庙里飞出，聚集在义军上空，像旗帜一样……类似的显圣传说甚嚣尘上。乡绅们还将种种北帝显圣的事迹上奏朝廷，请求为祖庙封典。

明景泰元年，一道圣旨经过重重官员的传递，从京城来到佛山。“奉天承运，皇帝诏曰”的宣旨声音响起，佛山赐名“忠义乡”，祖庙赐名“灵应祠”，赐予修建灵应牌坊，春秋祭典，地方最高官员必须亲自参加；对祖庙修缮不力的官员，也会遭到问责。

一夕之间，祖庙从民间祠庙变成官方庙宇，既代表主宰天地的神灵，又代表高不可攀的皇帝。这在广东社会并不多见，如同金榜题名一样，祖庙从此成为佛山人的骄傲。

圣旨传达的第二年，灵应牌坊开始建造。因是皇帝御赐，牌坊施工构建格外讲究，壮丽异常。牌坊建筑为三楼三层式，威严耸立，檐柱间大量施用斗拱，飞檐叠翠，飘逸凌云，正面顶层正中有竖书“圣旨”二字匾，下层横书“圣域”、“灵应”。白色的石柱、朱红的木结构、形似“燕巢”的斗拱层叠，映衬着贴金大字，配以绿色琉璃瓦上盖，使整座牌坊显得辉煌夺目。上世纪70年代，一场十二级台风吹袭佛山，风骨凛然且结构极为坚固的灵应牌坊屹立不倒，安然无恙。

“廿七铺奉此为祖，亿万年惟我独尊”，前殿右门的一副对联道出祖庙在佛山人心中的崇高地位，而官府的介入祭祀和侨寓商人的认同，从政治和经济上巩固了祖庙的地位，推动着祖庙成为合镇诸庙之冠。

祖庙三门内的灵应祠，从进门的大铁鼎，到殿内最深处端坐的北帝铜像，目之所及，全是无价珍宝。

明景泰年间，祖庙成为敕封官祠，所供奉的北帝自然也要重新打造。此时，一座重2.5吨的北帝铜像打造完毕，端放在紫霄宫中。九尺五寸的高度，代表九五之尊的崇敬，更代表了当时佛山铸造业的兴盛，成就了它作为国内现存最大的明代铜铸北帝像的荣耀。文官造型的北帝像，头顶圆光，面带微笑，左手扶着腰带，右手放在膝盖上，这个造型竟和收藏在故宫博物馆中的明朝永乐皇帝的画像十分相似。工匠们为何把北帝像塑造成与明成祖朱棣一样，已无从考究，但可以想象的是，当时的工匠乃至百姓对于北帝的崇拜已经到达顶峰。

相比起北帝铜像的重量，北帝统属的天兵神将二十尊元帅神像却几乎是祖庙内最轻的物件，高达2米的神像，也只有几匹麻布的重量，一个人就能轻易抱起。这些雕像所采用的工艺叫漆夹伫塑，也叫漆扑，是明清时期的产物。工艺繁复，须先塑出泥胎人像，然后翻制石膏模，在石膏模上用小麻布片逐层粘贴，多达8、9层，此后脱去泥模，再在胎塑造型表面施以精细雕塑、

所有神像的衣饰和面部表情善恶不一，但统一的是，他们的身体都一致地向前微倾，既是对北帝表示恭敬，也是居高临下、俯瞰世人。清末期间，这些塑像由佛山最出名的两家雕塑店号修复翻新，两家店号为炫耀各自的精湛手艺，都搭起排栅罩以幕布遮掩，互相保密至全部竣工，因此，这也代表了当时佛山地区最高超的工艺水平。

在正殿左右两旁的72件北帝出巡兵器仪仗，就是国家二级文物，它们由广府商家制造于清光绪二十五年，至今已有上百年历史，全国只有一套。此外木雕神案、直径1.31米的巨型铜镜、大型铜鼎铜钟和香炉，凭借这些无法复制的珍宝，堆砌起祖庙“东方民间艺术之宫”的美誉。

在祖庙前殿西廊，是清光绪二十五年制作的陶塑瓦脊作品“哪吒闹东海”。长4.3米，高1米，楼台屋宇，构图严谨，真实生动。瓦脊分两层，下层塑人物19个，长袍铠甲，姿态各异；上层塑人物8个，皆倚栏杆，向下张望；中间脚踩风火轮，手执乾坤圈的便为哪吒。哪吒神态天真、活泼趣稚，其父李靖则严肃端坐，似在怒斥这个闯下大祸的顽童。祖庙博物馆馆员介绍，哪吒是个反抗性很强的人物，在他身上寄托着反抗封建礼教和伦理观念的精神，这也是祖庙众多作品里反映抗争精神的其中一件。

光绪二十五年的大修，在祖庙的艺术品上多留有抗争的印记。祖庙正殿的漆金木雕神案，是那次大修时，由本地商业行会之一、经营粮油杂食的平码行敬奉的，承制该神案的是清末佛山承龙街著名木雕作坊成利店。

 漆金木雕神案由上下两部分组成，上部雕刻的人物故事为“竹林七贤”。魏晋年间，文人名士阮籍、嵇康等七人，看透时局的险恶，隐居不问世事，闲聚竹林，或醉饮弹琴，或赋诗咏怀，以发泄愤懑之情。下部雕刻的是“薛刚反唐”的历史故事。薛刚反唐的历史题材，在粤剧剧目中名为“偷祭铁丘坟”。故事内容是清咸丰四年(1854年)，粤剧艺人李文茂率红船弟子积极响应太平天国运动而发动起义，后遭残酷镇压，许多艺人被杀，埋葬于佛山市郊蒙清岗，墓地亦以“铁丘坟”做记认。木雕艺人正是借薛刚偷祭铁丘坟，抒发人们对粤剧艺人们的缅怀之情。

前殿一座漆金木雕神案。光绪二十五年，银行如意堂敬奉了该神案，并由佛山镇承龙街黄广华店负责制作。神案上层刻有“荆轲刺秦王”的故事，正中就是“图穷匕现”的场面。下层刻有“李元霸伏龙驹”的传说。故事中的李元霸，相传为唐高祖李渊的第四子，被誉为隋唐第一好汉。当时某番邦向唐朝送来一匹烈马，名曰龙驹，声言如果唐朝有人能降服此马，则甘愿俯首称臣。元霸听后大怒，当殿降服龙驹，使唐朝免遭侵略。

这件作品，竟有几个身着燕尾服、头戴高礼帽的洋人，有的作献表状，有的跪地求饶，有的被打翻在地。鸦片战争后，列强入侵，木雕艺人借胡人来隐喻洋人，表现对帝国主义入侵的痛恨。


1958年，在维修该神案时，工作人员发现，正中裱糊的木雕小匾“金銮殿”三字下竟刻有“大明江山”四字，明显带有“反清复明”的思想。有考证认为，从木雕旗帜上的“李”字来看，又很容易使人联想到粤剧艺人李文茂领导的以“反清复明”为口号的红巾军起义。这座神案，集艺术性、思想性于一体，堪称佛山木雕艺术的珍品，也是国家级的保护文物。

庆真楼建于清嘉庆元年(1796年)，地处祖庙古建筑群轴线的最北端，也是当中年代最晚的一座建筑。庆真楼楼高两层，为砖木结构，镬耳式封火山墙，是供奉北帝父母的神殿。因此，屋顶的瓦脊所塑的是“瑶池祝寿”的故事，王母的五个女儿和八仙向王母祝寿，场面盛大而热闹。    民国时期，庆真楼改为驻军之所，二楼的部分木材被抽取，楼面不堪负载，一度成为危楼。2000年，庆真楼才得以重新修复。

万福台，建于清顺治十五年(1658)，位于祖庙古建筑群轴线的最南端，是目前广东省内现存最古老的戏台，初名华丰台，光绪时改名万福台。万福台建在一个高2.07米的高台上，与灵应祠内北帝的视线高度一致，因此，此处正是酬神戏演出的地方。台上以精美绝伦的大量贴金木雕的隔板分为前台和后台，台前空地开阔，青石铺地，供观众自携条凳或站立观戏用。空地东西两侧是两层式长廊，形似包厢，供地方士绅及眷属观剧用。从万福台到两旁的两廊，再到灵应牌坊，形成一个天然的整体立体环绕声回音壁，保证了极佳的演出音响效果。

万福台,是目前发现的最早的一座粤剧戏台,建于清顺治十五年,原叫华封台,19世纪末为了庆贺慈禧60寿诞,才改名为“万福”。万福台最初是用来表演酬神的地方戏台,明清时候佛山庙会活动十分频繁,北帝诞、天后诞、龙母诞等等,酬神戏是庙会上的普遍节目,因此戏台与大殿建在同一中轴线上,戏台近于四方形,在戏台中间用木雕屏隔出前后台,后台三面围以砖墙,台前四根柱,中间两立柱形成表演空间,台下为存放衣箱的地方。戏台整体比较高,因为是表演给神———北帝看的,戏台的两侧还有长廊,长廊上设包房,过去有钱的人家在里面看戏,而没钱的平民百姓就在台下的广场上看。

《华封台会碑》里有记载,每年七八月份,活动在珠三角一带的佛山本地班,就集中在琼花会馆重新组班,组班后第一台戏一定要在万福台首演,先给北帝看过,才能得到北帝的庇佑演出顺利成功,然后才能坐船下乡表演。正是因为酬神戏的普遍存在和发展,为粤剧在佛山的诞生提供了契机。粤剧创立于清代雍正年间,北京名伶张五因为躲避官府的追捕,南逃到佛山,用京戏昆曲来改造本地戏剧,最终形成现在的粤剧。粤剧诞生后,万福台首演的惯例也被继承了下来,几百年来没人敢违背,因此万福台也成了粤剧发展的最好见证。

灰塑是岭南建筑常用的传统建筑工艺，俗称“灰批”。用草灰、石灰、纸浆等混合物在建筑上塑造装饰而成，多用于门额、窗框、屋脊等处，题材多为花卉、鸟兽、山水人物等。端肃门是人们浏览祖庙的重要入口，在门楼上方塑有一组灰塑——“唐明皇游月宫”。它由出身灰塑世家的布根泉师傅于1942年制作，为多层立体浮雕，塑有唐明皇、月宫仙女及卫士等五人。　　

唐明皇即唐玄宗，“开元盛世”便是他励精图治之功。唐明皇游月宫的故事见于凌蒙初所著的《拍案惊奇》，讲的是中秋之夜，玄宗一时雅兴大发，让高僧叶法善将板笏化成一道银桥直达月宫。

据《开元遗事》载：玄宗在位时，天下太平，一片繁华安定之景象。唐明皇有一天在皇宫里对大臣说：“吾昨夜梦游月宫，诸神娱予以上清之乐，寥亮清越，殆非人间所闻也。……至月宫，仙女数百，皆素练霓衣，舞于广庭。问其曲，曰霓裳羽衣。”唐明皇将曲默记下来，醒后将其写成曲谱，让乐师演奏，名曰《霓裳羽衣舞》。后来此事流传于民间，便有文人雅士将其写成诗文，编成戏曲，广泛传颂。　　端肃门上的这组灰塑采用后一种说法，在构图中突出游之美景，游之怡然，唐明皇悠然自得地欣赏月宫仙景，两旁古树仙草掩映，鸟兽和鸣，一派热闹喜庆的景象。

灰塑“断桥会”位于万福台西门楼上方，是一组多层立体式灰塑作品。其内容取材于传统戏剧故事“断桥会”：蛇仙与侍女小青思慕人间生活，下凡与书生许仙结成美满姻缘，金山寺长老法海却要拆散这对夫妻，并将许仙骗囚于寺中，后来，许仙三人经历许多磨难与曲折，终于重逢于杭州西子湖上的断桥，夫妻、姐妹重新团聚。

万福台在祖庙最南端，是一座专供粤剧演出的大戏台。粤剧起源于佛山，每年六七月份，在外演出的各戏班都返回佛山，解散旧班，重组新班。依照惯例，新戏班的头场演出必在祖庙的万福台进行。此建筑为歇山卷棚顶，台面宽三开间。前后台用金漆木雕隔板分开，隔板两侧设门供演员出入。隔板正中的上部雕刻福禄寿三星；下部雕刻戏曲故事"曹操大宴铜雀台"的场面；左右分别雕刻降龙、伏虎二罗汉。这些金漆木雕刀工洗练、技艺娴熟、笔法粗矿。

灰塑“断桥会”是布锦庭民国初年的作品。布氏是佛山著名灰塑艺术世家，布氏家族灰塑作品的特点是玲珑通透，层次分明，主题突出，色彩明快。布氏灰塑多装饰在建筑物高处，绘画线条一般较为粗劲，也充分考虑了仰视效果，让欣赏者站在平地观赏时感觉舒服自然。祖庙内制作的各组灰塑作品，是同类艺术创作中的佼佼者，多为布氏家族的代表作品。

灰塑“桃园三结义”位于崇敬门顶部，与端肃门顶部的“唐明皇游月宫”相呼应。内容取材于中国古典名著《三国演义》第一回“祭天地桃园结义”。传东汉末年，天下纷争，王室衰微，各具才华的刘备、关羽、张飞恰巧相逢，三人意气投合，于是在河北涿州“桃园三结义”，誓同生死，救国扶危，匡复汉室。

灰塑“桃园三结义”是民国三十一年（1942）祖庙修缮时，由佛山著名灰塑艺人布根泉制作。作品为多层式立体雕，表现的是刘、关、张三人于桃园结拜时焚香拜祭后举杯畅饮的情景，刘备居中，关羽居左，张飞居右，两仆童侍奉在后，背景装饰有美艳的桃花，苍郁的古柏。刘备仁慈宽厚、关羽忠义仁勇、张飞骁勇善战的人物个性特征都刻画得淋漓尽致，栩栩如生。所敷色彩搭配和谐，具有独特的装饰效果。

“公园春晓”灰塑位于祖庙的西侧外围墙上，是1956年佛山灰塑艺人布志军的作品。　　作品里描绘的是祖庙及周围的景色，上面不仅画有“灵应”牌坊，“灵应祠”内的“文魁阁”，还有“仁寿寺”内的“如意塔”、“龙须沟”上的“金水桥”等具有代表性的佛山历史文化古迹。这些景色加起来就是作者心目中的佛山历史文化之“春”。

这里所说的“龙须沟”并不是老舍笔下的北京“龙须沟”，而是祖庙路的前身，其景致也不如灰塑作品上那般优美。　　60年前的祖庙路还是一条水沟，当时的佛山城市与农村的界限就是祖庙门前的这条水沟。1958年，人们开始整治这条奇臭无比的“龙须沟”，砌了石岸，种了垂柳。后来，华侨大厦1962年落成，狭窄的石板路令这座佛山当时最高的建筑物处境相当尴尬。1976年，祖庙路扩宽设计为双向四车道，全长1350米，铺设沥青路面。从此，“龙须沟”实现华丽转身

建于祖庙西侧外围墙上的一副灰塑作品，同样为佛山灰塑世家布氏传人布辉于1956年所作，作品人物造型生动，个性突出，讲述的是书圣王羲之的故事。东晋时期，由于王羲之特别勤奋用功，洗笔砚时的屋前池水都已经变黑了。为了掌握运笔的技巧，提高技艺，王羲之经常观察鹅的戏水动作来寻求创作灵感，因而以鹅为伴，成了好“朋友”。一日，王羲之听说有道士养了一群鹅，便去观看，发现非常可爱，便想高价买回来。道士说，你写一部《道德经》给我，我就把鹅送给你。羲之欣然答应，高高兴兴带着鹅回家去了。王羲之后来成为我国历史上最杰出的书法家，被称为“书圣”。 “羲之戏鹅”中他活泼顽皮的性格，以及率真的个性，对他以后的书法造诣或多或少都有影响。

建于祖庙西侧外围墙上的一副灰塑作品，为佛山灰塑世家布氏传人布辉于1956年所作。故事出自成语“柯烂忘归”。相传西晋时，有一个樵夫名叫王质，每日上山砍柴。一天，他在松林深处看见两位老人在下棋，便放下斧头，观看起来，甚至忘记了饥饿和回家。许久之后，老人才下完棋。其中一位说道，“山中方七日，时间数千年”，你赶快回去吧。王质听后，准备取斧下山，没有想到柯木作的斧柄已经腐烂，铁斧也已经变得锈迹斑斑。　　转眼间，两位老人不见了踪影，王质才知道遇到了神仙。而等他回到山村，整个村子早已发生了翻天覆地的变化，他不认识别人，别人也不认识他。在佛山祖庙的锦香池内，置放有一石雕龟蛇，传说它就是祖庙内供奉的“北帝”的象征。北帝，原为古代神话中的北方之神。中国的古时候把天上二十八宿星系分为四组，每组七星，并把每组想象为一种吉祥的动物，南方七宿想象为鸟形，称朱誉；东方七宿想象为龙形，称青龙；西七宿想象为虎形，称白虎；北方七宿想象为龟、蛇，称玄武，后来成为掌管东、南、西、北各方的神灵，故龟蛇便成了北帝的化身。


在我国的古代，龟蛇地位极高，龟与龙地位极高，龟与龙、凤、麒麟并称为“四灵”，蛇与龙并称，那时候有人认为龟象征天地，地天是半圆的，地是方的，隆起的龟壳、扁平的龟甲就象天覆盖在地盘之上。而天地是长久的（乌龟本身也较长寿），所以被人们视为运气或长寿的吉祥物。