元妙观山门

《莆阳比事》载：“元佑间雷击殿，鸱吻堕，内得黑木板，文曰：‘后八十年狄觉奴来守此邦重易殿屋。’主者以闻，郡守狄明远视之叹曰：‘吾小字也，以年计之，吾犹未生，何其验耶?’遂捐俸新之。”有史可查的还有明永乐五年(1408)重修三清殿；明嘉靖三十五年(1556)道士方汝调、李志升重修玉皇殿；倭寇陷城后的明嘉靖四十三年(1564)兴化府知府易道谈重建山门；明万历九年(1581)玉皇殿坏，次年乡贤林兆恩命人劝募重建，并重修了三清殿、东岳殿、文昌殿和福神殿；以后道士单茂乔又募建文昌宫、五显庙。明崇祯十三年(1640)又一次修了三清殿，清嘉庆二年(1797)翁廷璋重修东岳殿(包括中殿、拜亭、两庑和山门)；清咸丰年间(1851～1861)又一次重修福神殿；清光绪年间(1875—1908)兴化府同知杨万清又一次大修了三清殿；民国后除了重建九御殿外，元妙观其他建筑先后遭受破坏；1956年10月，文化部拨款重修三清殿；近年国家文物局再次拨款大修三清殿及其附属建筑物。
元妙观三清殿 是传统的中国木结构建筑

明弘治《兴化府志·外纪》载：天庆观于宋天禧元年(1017)，朝廷赐给金宝牌、芝草山及《封禅记》《祀汾阴记》《仪范》等书，这是在大中祥符二年(1009)敕名天庆观之后的第八年的事，这些当然是宋真宗伪造天书下降、泰山封禅、西祀汾阴等妄道之举的产物，但也从一个侧面说明了当时莆田天庆观在全国道观中的重要地位。解放前观内还保存有龙泉窑青瓷大花瓶，肩部釉下有天庆观三字。
三清殿的右边是莆阳书院

三清殿梁架纵横、柱网罗列，显示出变化中统一和谐的美；斗拱出跳，下昂调节，又显示等差有度的节奏感；同时深度出跳的舒展下昂和一朵朵绽放朝上的各式斗，互为呼应，俯仰有致，其形象艺术美使人既感到亲切又觉得幽秘。整座建筑沉浸在“大音稀声”的艺术氛围中。置身其中，又仿佛置身于立体图案的建筑文化空间。且那双面对称刻莲芯、云纹的云形驼峰，绘道教“八宝”图案的椽檩和斗栱构件，都是精美的艺术品。

昔日三清殿中5米多高的元始天尊手拈宝珠、灵宝天尊持太极图，太上老君持扇等雕塑神像已不复存在，三清殿后檐下5间的墙面和两廊各7间的墙面上的珍贵壁画也随历史消逝。幸运的是三清殿碑园中还保存有神霄玉清万寿宫碑、皇帝御札碑、祥应庙记碑等碑刻文物，弥足珍贵，堪称国宝。

三清殿的左边是莆田琪院

棋院与三清殿相通，未上班时，前门关闭，从后门入内，院内寂静无人
莆田琪院的雕塑
宋代名“天庆观”，元代更名“玄妙观”，清代因避康熙皇帝玄烨讳，改称“元妙观”三清殿后院里藏有很多宝贝，多是被时代遗弃的古物