另三处为：扬州的仙鹤寺、泉州的清净寺和广州的怀圣寺。有据可查的是：广州怀圣寺始建于唐贞观元年（627年），泉州清净寺始建于北宋大中祥符二年（1009年），扬州仙鹤寺始建于元至元十二年（1275年），而杭州凤凰寺至少始建于唐贞观（627年）之前。所以杭州凤凰寺极可能是中国最早的清真寺。

现存寺内碑廊的阿老丁墓碑等多块古碑分别以汉文、阿拉伯文、古波斯文记载始建于唐代。据清康熙九年《真教寺碑记》称，寺始建于唐。南宋嘉泰三年（1203年）毁于战乱。元至元十八年（1281年）由波斯籍回回大师阿老丁重建。后经明景泰二年（1451年）、清顺治五年（1648年）、康熙九年（1670年）、道光五年（1825年）的多次修建，整个寺的布局好像一个展翅欲飞的凤凰，遂立“凤凰寺”匾额，闻名中外。