千百年来，黄旗山一直是东莞人民的福地，这缘起于一个在民间广为流传的美丽传说：北宋徽宗政和年间，东莞地区遭遇罕见旱灾，并流行一种瘟疫，病死饿死者无数。远来一方士（风水先生）追寻龙脉至此地，一天清晨，在今黄旗观音古寺观音殿处，遇见一位白衣妇人蛰伏在地，忙上前问候。忽然，那白衣妇人化白烟而去，瞬时天现紫色祥云（现在黄旗观音古寺建筑屋瓦为紫色琉璃即缘起与此）。方士感悟此乃南海观音化身，慈悲众生，显灵点化。方士发愿在此地修建道场供奉观音，居民踊跃响应，很快建好。

大殿落成暨观音宝像开光之日，天降甘露，旱灾立缓，不久瘟疫止息。此后千百年来，“东莞无大乱，有乱观音菩萨来化解”遂成为一句常话在民间广为传唱，“到黄旗拜观音”成了的传统习俗。古人云：“山是地之胜，寺是山之胜。”正是正是源远流长的法脉源流，黄旗山成了东莞人民的福地圣山，黄旗观音古寺成了广大信众寄托信仰的佛门净地。
东莞黄旗观音古寺千手观音像