在三峡论证期及上马之初，“上马概算”、“钓鱼工程”的质疑不绝于耳。近几年，三峡总公司一再对外宣布，三峡总投资将比原估算少花200亿元。
据《瞭望》报道，1992年全国人大通过的兴建三峡工程决议指出，建设所需静态投资为570亿元（1990年价格）；1993年，国家批准的初步设计静态投资概算调整为900.9亿元（1993年5月末价格）；按照1994年的物价水平、贷款利息等因素测算，工程动态总投资估算为2039亿元。

2009年9月27日，三峡总公司总会计师杨亚预计最终投资不超过1800亿元。
据《瞭望》在库区长期调研，移民前期，为实现“搬得出”的目标，各地各部门面临重重“发包”压力，在大政策之外，还想出了种种“土办法”，包括通过单位办公经费节约，或干部捐款集资，用钱把人“劝”走。而为解决移民上访、维稳，所耗经费亦无从统计。

为帮助移民安稳致富，着手库区生态建设与地灾防治等，三峡建委去年组织后续工作规划，据郑守仁所知，此项规划可能需要资金1300亿－1500亿元。曾在国家计委任职的何格高表示，以上各种经费，“都应该算到三峡里头”