１）．切丝将黄柏挑选并除去石、砂、杂物，烘干或晒干后，用切丝机切成细小碎段而成生药丝；

２）．浸泡将生药丝倒入浸泡池内，加入浓度为０．１－１％的硫酸水溶液浸泡２４－３６小时，硫酸水溶液的加入量为生药丝重量的３－５倍；生药浸泡四次，第二、三次仍用硫酸水溶液，加入量为生药丝重量的２－３倍，浸泡２４小时；最后一次用清水或更稀的硫酸水溶液，浸泡时经常搅拌；

３）．过滤将第一、二、三次的浸泡液用铺有滤布的过滤筛过滤，所得滤液即为黄连素硫酸盐；

４）．中和将滤液移入中和池内，缓慢加入石灰乳，调节滤液的ｐＨ值为７－９范围内，静置过夜，上清液用铺有滤布的过滤筛过滤，滤液送入盐析池内，底层浑浊液则过滤２－３次，将除去杂质的清液也送入盐析池内；５）．盐析向盐析池内加入浓盐酸，至滤液的ｐＨ值２－３，再按每百公斤滤液５－１０公斤的比例加入食盐，放置１２－４８小时，至黄色结晶在食盐溶液中完全析出为止；

６）．过滤用过滤筛将晶浆液过滤，分离出结晶体即为盐酸黄连素的粗品；

７）．精制将盐酸黄连素粗品放入溶解池内，按湿品量１０－１５倍、干品量２０－３０倍加入沸水，使其溶解，再加入石灰乳，调节溶液的ｐＨ值８－９，除去浮在液面上的杂质，趁热过滤，滤渣用少量沸水冲洗后弃去，冲洗液与滤液合并，置于结晶池内，加入盐酸调节ｐＨ值１－２，１２－２４小时后，析出纯净的鲜黄色结晶体；

８．干燥用过滤筛过滤，分离出精制的结晶体，用少量蒸馏水冲洗结晶体的盐酸残液，至冲洗液的ｐＨ值４－６为止，滤干，结晶体送入烘房中，在７０－８０℃的温度下烘干，或置于阴凉处风干，即得到盐酸黄连素精品。